آخرین مطالب

موضوعات

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

لطفا صفحه را ببندید

کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

فیدهای XML

RSS چیست؟

دانلود پایان نامه:بررسی جایگاه بزهکاری اطفال و عوامل موثر آن در ق.م.ا جدیدسال 90و تعیین سن مسولیت کیفری ایران و مقایسه آن با قانون ترکیه

2-6- عوامل بزهکاری اطفال در ترکیه 68

2-6-1- علل و عوامل اجتماعی مؤثر بر بزهکاری اطفال و نوجوانان در ترکیه 69

2-6-1-1- خانواده 69

2-6-1-1-1- نقش والدین 71

2-6-1-1-2- فرق گذاشتن میان فرزندان 71

2-6-1-1-3- اعتیاد والدین 72

2-6-1-1-4- رفتار والدین 72

2-6-1-1-5- از هم گسیختگی و عدم انضباط خانواده 73

2-6-1-1-6-تنبیه اطفال و نوجوانان 75

2-6-1-1-7- وجود فرد بزهکار در خانواده 76

2-6-2- تأثیر محیط زندگی در بزهکاری اطفال و نوجوانان در ترکیه 77

2-6-2-1- تأثیر شغل و میزان سواد خانواده 78

2-6-2-2- علل اقتصادی 79

2-6-3- تأثیر وراثت در بزهکاری اطفال و نوجوانان 80

2-6-3-1- تأثیر منطقه مسکونی بر بزهکاری اطفال 81

2-6-3-2- تأثیر تنبیه در اطفال و نوجوانان 82

2-6-3-3- تأثیر مدرسه و محیط آموزشی در بزهکاری اطفال و نوجوانان 83

فصل سوم : تعیین سن مسئولیت کیفری 85

3-1- مقدمه 85

3-2- درجات مختلف مسئولیت 86

3-2-1- دوران فقدان تمیز و عدم مسئولیت کیفری مطلق 86

3-2-2- دوران تمیز و برخورداری از مسئولیت کیفری نسبی 87

3-2-3- دوران بلوغ و سن کبر قانونی 87

3-3- سن شروع مسئولیت کیفری 87

3-4- مسئله تمیز اطفال و انتقادات وارده بر آن 88

3-5- اماره عدم مسئولیت کیفری اطفال 89

3-5-1- مفهوم شرعی بلوغ 89

3-5-2- مفهوم عملی بلوغ 89

این مطلب را هم بخوانید :

پایان نامه مشتریان و انتخاب بانک:/عوامل موثر در رضایت مشتری

3-6- مسئولیت جزائی اطفال 90

3-7- رژیم قانون مجازات عمومی سال 1304 90

3-7-1- اطفال کمتر از 12 سال 91

3-7-2- اطفال بین 12 تا 15 سال 91

3-7-3- اطفال بین 15 تا 18 سال 91

3-8- رژیم قانون دادگاه اطفال بزهکار 92

3-9- رژیم قانون مجازات اسلامی و مجازات طفل بزهکار 93

3-10- سن مسئولیت کیفری از دیدگاه حقوق اسلام 93

3-11- سن مسئولیت کیفری در قرآن 94

3-12- سن مسئولیت کیفری در سنت 95

3-12-1- سن مسئولیت کیفری در روایات رسیده از پیامبر اکرم(ص) 95

3-12-2- سن مسئولیت کیفری در احادیث امامان معصوم 96

3-12-2-1-روایات مربوط به بلوغ جنسی 96

3-12-2-2- روایات مربوط به بلوغ سنی 96

3-12-2-3- روایات صرفاً مبتنی بر سن 97

3-13- سن مسئولیت کیفری از نظر فقها 98

3-13-1- نظریه مشهور فقهای امامیه 98

3-13-2- استاد معرفت 98

3-13-3- علامه حلی 98

3-14- نتیجه گیری 99

فصل چهارم : 100

4-1- تشكیلات قضایی ناظر بر اطفال بزهكار در حقوق ایران 100

4-1-1- تحولات كیفری اطفال در ایران 102

4-1-1-1- ایران قبل از اسلام 102

4-1-1-2- دوران اسلام 103

4-1-1-3- وضعیت دادگاه اطفال قبل از انقلاب و چگونگی انتخاب قضات اطفال 103

4-1-1-4- انواع تصمیمات قاضی اطفال در قانون سابق 107

4-1-1-5- دادرسی کیفری کودکان و نوجوانان بر اساس قانون 1378 108

4-1-1-5-1- دادگاه اطفال 108

4-1-1-6- دادرسی ویژه كودكان و نوجوانان 109

4-1-1-7- وظایف و اختیارات قاضی دادگاه اطفال 110

4-1-1-8- نقش دادستان در رسیدگی به بزهكاری اطفال و نوجوانان 110

3-1-1-9- نقش بازپرس در رسیدگی به بزهكاری اطفال و نوجوانان 111

4-1-2- صلاحیت دادگاههای اطفال و نوجوانان و مقامات صلاحیت دار 112

4-1-2-1- صلاحیت شخصی 112

4-1-2-2- صلاحیت ذاتی 114

4-1-2-3- صلاحیت محلی 115

4-2- تشكیلات قضایی ناظر بر اطفال و نوجوانان بزهكار در حقوق تركیه 116

4-2-1- تاریخچه محاكم اطفال در تركیه 116

4-2-1-1- خصوصیات محاكم اطفال در تركیه 117

4-2-1-2- تأسیس دادگاهها 118

4-2-1-3- وظایف محاكم 118

4-2-1-4- حوزه قضایی دادگاهها 119

4-2-1-5- انتصاب قضات محاكم اطفال 119

4-2-1-6- دفتر ویژه دادستان در خصوص كودكان و وظایف آنها 119

4-2-1-7- واحد بازداشتگاه كودكان 120

4-2-1-8- اقدامات حمایتی و حفاظتی از اطفال و نوجوانان در دادگاههای تركیه 121

4-2-1-9- اقدامات مشاوره و راهنمایی 120

4-2-1-10- اقدامات نظارتی و نگهداری 120

4-2-1-11- اتخاذ تدابیر پیشگیرانه و حمایتی از اطفال و ضمانت اجرای آن در دادگاههای تركیه 121

4-2-1-12- نگاهی به دادرسی اطفال بزهكار در سیستم حقوقی تركیه 122

4-2-1-12-1- اصول دادگاههای اطفال در تركیه 124

4-2-1-12-2- نقش قاضی در دادگاه اطفال 126

4-3- نحوه ی رسیدگی به جرایم اطفال و نوجوانان در حقوق ایران و ترکیه 127

4-3-1- نحوه ی رسیدگی به جرایم اطفال و نوجوانان در حقوق ایران 127

4-3-1-1-کشف جرم 127

4-3-1-2- تعقیب 128

4-3-1-3-تحقیق مقدماتی 130

4-3-1-4- تدابیر موقت تأمینی در ایران 133

4-3-1-5-التزام والدین با تعیین وجه التزام 133

4-3-1-6- قرار وثیقه 133

4-3-1-7- نگهداری موقت 133

4-3-1-7-1- فقدان ولی یا سرپرست 133

4-3-1-7-2- عجز از تودیع وثیقه یا قبول التزام 134

4-3-1-8- نگهداری احتیاطی 134

4-3-1-9- دادرسی 135

موضوعات: بدون موضوع لینک ثابت

[چهارشنبه 1399-07-02] [ 01:03:00 ق.ظ ]

ارسال نظر »

دانلود پایان نامه:طراحی کمومتری مرکب مرکزی برای بهینه‌سازی شرایط میکرواستخراج بانوارحلال و مقادیر کم داروی donepezil از نمونه‌های بیولوژیکی ادرار وپلاسما و اندازه‌گیری با HPLC

3-3-3-1. منحنی درجه‌بندی ……………………………………………………………………………………. 45

3-3-3-2.تعیین فاکتور پیش تغلیظ (PF) ……………………………………………………………………. 45

3-3-3-3. تعیین تکرارپذیری (RSD) ………………………………………………………………………… 46

3-3-4.آنالیز نمونه حقیقی ……………………………………………………………………………………….. 46

فصل چهارم: نتایج

4-1. میکرواستخراج سه فازی بر پایه استفاده از فیبر توخالی متخلخل …………………………………. 48

4-2. مراحل بهینه‌سازی…………………………………………………………………………………………….. 48

4-2-1. بهینه‌سازی شرایط HPLC………………………………………………………………………………. 48

4-2-2. بهینه‌سازی شرایط استخراج ……………………………………………………………………………. 49

4-2-2-1.نوع حلال آلی………………………………………………………………………………………….. 49

4-2-2-2.طراحی آزمایش………………………………………………………………………………………… 51

4-2-2-2-1. غربال‌گری …………………………………………………………………………………………. 51

4-2-2-2-2. طراحی بهینه‌سازی ………………………………………………………………………………. 55

4-2-2-2-3. خلاصه نتایج بهینه‌سازی ……………………………………………………………………….. 59

4-3. تعیین پارامترهای تجزیه‌ای روش استخراج …………………………………………………………….. 59

4-3-1.تهیه منحنی درجه‌بندی …………………………………………………………………………………… 59

4-3-2.فاکتور پیش تغلیظ (PF) و درصد بازیابی (R%) …………………………………………………. 60

4-3-3.تعیین حد تشخیص (LOD) …………………………………………………………………………… 61

4-3-4. تکرارپذیری روش (RSD) ……………………………………………………………………………. 62

4-4.آنالیز نمونه ادرار و پلاسما ………………………………………………………………………………….. 62

فصل پنجم: بحث و پیشنهادات

5-1. بحث و نتیجه‌گیری…………………………………………………………………………………………… 66

5-2. پیشنهادات……………………………………………………………………………………………………… 69

منابع…………………………………………………………………………………………………………………….. 70

خلاصه انگلیسی …………………………………………………………………………………………………….. 82

ضمایم…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 82

فهرست جداول

عنوان صفحه

جدول 2-1. کاربردهای کروماتوگرافی تقسیمی ……………………………………………………………… 25

جدول 2-2. کاربردهای اخیر HF-LPME در استخراج گونه‌های مختلف ……………………………… 33

جدول 4-1. سطوح پایین و بالای مربوط به فاکتورهای بررسی شده ……………………………………. 52

جدول 4-2. آزمایشات طراحی شده پلاکت- بورمان جهت شناسایی فاکتورهای مهم تاثیرگذار بر روی نتایج SBME-HPLC برای جداسازی و اندازه‌گیری donepezil…………………….. 52

جدول 4-3. آزمایشات طراحی شده باکس- بهکن جهت بهینه‌سازی فاکتورهای موثر بر SBME…. 55

جدول 4-4. خلاصه نتایج بهینه‌سازی استخراج……………………………………………………………….. 59

جدول 4-5. ارقام شایستگی SBME داروی دونپزیل……………………………………………………….. 62

جدول 5-1. مقایسه روش ارائه شده با سایر روش‌های استخراجی……………………………………….. 66

فهرست اشکال

عنوان صفحه

شکل ( الف ). روش‌های استخراج و میکرواستخراج ………………………………………………………….. 3

شکل 2-1. نمای جانبی از سیستم میکرواستخراج با حلال با استفاده از میله تفلونی …………………. 11

شکل 2-2. نمای جانبی از سیستم میکرواستخراج با تک قطره الف)استخراج مستقیم ازدرون محلول

ب)استخراج از فضای فوقانی ……………………………………………………………………………………………. 13

شکل 2-3. اصول استخراج HF-LPME (الف) دو فازی (ب) سه فازی ………………………………. 14

شکل 2-4. (الف) سیستم HF-LPME بر اساس پیکربندی (ب) پیکربندی میله‌ای U………………… 17

شکل 2-5. طرح شماتیک از سیستم HF-LPME…………………………………………………………….. 18

شکل 2-6. (الف): شمایی از سیستم HF-LPME از حجم زیاد (ب) سیستم نیمه خودکار …………. 19

شکل 2-7. طرح شماتیک میکرواستخراج فاز مایع به روش مستقیم (الف) و (ب) فضای فوقانی .. 21

شکل 2-8. شمایی از یک دستگاه HPLC……………………………………………………………………… 26

شکل 2-9. یک حلقه نمونه‌برداری کروماتوگرافی مایع …………………………………………………….. 28

شکل 2-10. سلول آشکارساز فرابنفش برای HPLC………………………………………………………… 32

این مطلب را هم بخوانید :

فواید ورزش برای زیبایی و شادابی پوست

شکل 2-11. ساختار شیمیایی دونپزیل …………………………………………………………………………. 36

شکل 4-1.کروماتو گرام تزریق مستقیم 1میلی‌گرم بر لیتر محلول ابی دونپزیل ………………………… 49

شکل 4-2. بررسی نوع حلال پر کننده منافذ فیبر ……………………………………………………………. 50

شکل 4-3. نمودار Pareto chart مربوط به طراحی پلاکت- بورمان …………………………………….. 54

شکل 4-4. نمودار مربوط به میزان و نحوه تغییر سطوح فاکتورهای موثر انتخاب شده ………………. 56

شکل 4-5. نمودار پاسخ سطحی تخمینی و خطوط کانتور به دست آمده از فاکتورهای موثر در کارایی استخراج donepezil توسط روش SBME-HPLC………………………………………………………………………………………. 57

شکل 4-6. منحنی درجه‌بندی در شرایط بهینه SBME 59

شکل 4-7. منحنی درجه‌بندی در محیط آبی حاصل از تزریق دارو قبل از استخراج ………………………………… 60

شکل 4-8. منحنی درجه‌بندی تزریق مستقیم ………………………………………………………………….. 61

شکل 4-9. کروماتوگرام نمونه ادرار حاوی 10 میکروگرم بر لیتر دارو………………………………….. 63

شکل 4-10. کروماتوگرام نمونه پلاسما حاوی 10 میکروگرم بر لیتر دارو……………………………… 64

خلاصه فارسی

داروی دونپزیل یک مهار کننده مرکزی آنزیم استیل کولیناستراز است که در موارد خفیف تا شدید بیماری آلزایمر بهکار می‌رود. همچنین در برخی موارد در درمان بیش فعالی و نیز موارد دمانس مرتبط با پارکینسون مورد استفاده قرار می‌گیرد.

در این مطالعه برای تغلیظ و اندازه‌گیری مقادیر کم این دارو در نمونه‌های بیولوژیک ادرار و پلاسما، ترکیبی از روش میکرواستخراج سه فازی مایع با نوار حلال و اندازه‌گیری با کروماتوگرافی مایع با کارایی

موضوعات: بدون موضوع لینک ثابت

[ 01:02:00 ق.ظ ]

ارسال نظر »

دانلود رساله دکتری:طراحی نرم افزاری پپتید اختصاصی متصل شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

رساله دکتری

رشته زیست شناسی- گرایش ژنتیک ملکولی

طراحی نرم افزاری پپتید اختصاصی متصل شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

استادان راهنما

دکتر باقر یخچالی

دکتر مهدی صادقی

استاد مشاور

دکتر علی اصغر کارخانه

بهمن 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب

صفحه

عنوان

فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته

1-1 زیست فناوری

2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیستفناوری

1-2-1 پایگاهداده

1-1-2-1 جایگاه Expasy

2-1-2-1 پایگاهداده Swiss-Prot

3-1-2-1- پایگاهدادهProsite یا پایگاهداده موتیفها

3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیشگویی ساختار پروتئین

1-3-1 پیشگویی ساختار دوم پروتئینها

2-3-1 پیشگویی ساختار سوم پروتئینها

4-1 نمایش ساختار پروتئین

5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئینها

6-1 فلزات سنگین و اثرات زیستمحیطی آنها

7-1 منابع تولید کننده آلودگیهای فلزات سنگین

8-1 کادمیوم

9-1 حذف فلزات سنگین از محیطزیست

1-9-1 روشهای فیزیکوشیمیائی

1-1-9-1 روش اسمز معکوس

2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی

3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون

4-1-9-1 تبادل یونی

5-1-9-1 رسوبدهی شیمیایی

2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی

1-2-9-1 پاکسازی گیاهی

2-2-9-1 جذب زیستی

1-2-2-9-1 سازکارهای جذب زیستی

1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی

1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی

2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس

3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی

2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی

1-2-1-2-2-9-1 متیلهکردن فلز

2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن

3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم

10-1 سازکارهای ورود فلزات سنگین به ریزسازوارهها

11-1 پروتئینها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین

12-1 نمایش سطحی باکتریایی

1-12-1 نمایشسطحی در باکتریهای گرممنفی

2-12-1 نمایش پروتئینهای هترولوگ در باکتریهای گرم مثبت

13-1 افزایش جذبزیستی فلزات سنگین در باکتریهای گرم منفی با روشهای مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایشسطحی

14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی

1-14-1 پیلیهای باکتریایی و پیلی CS3

1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst

2-1-14-1 تنظیم بیان CS3

15-1 اهداف تحقیق

فصل دوم: مواد و روشها

1-2 بررسیهای بیوانفورماتیکی

1-1-2 پایگاههایداده و برنامههای بیوانفورماتیکی

2-1-2 ساختار پروتئین و روشهای پیشگویی عملکرد

1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاهداده توالی

3-1-2 روشهای آنالیز ساختار اول

4-1-2 روشها و برنامهی پیشگویی ساختار و عملکرد پروتئین

5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی

2-2 روشهای بیوانفورماتیکی

1-2-2 پیشگویی ساختار دوم

2-2-2 پیشگویی ساختار سوم پروتئینها و مدلسازی

1-2-2-2 جستجوی توالیهای مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاهداده PDB

2-2-2-2 مدلسازی مقایسهای

1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL

2-2-2-2-2 مدلسازی با برنامه Modeller

3-2-2-2 مدلسازی براساس روش شناسایی تاخوردگی

4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS

5-2-2-2 تغییرات RMSD

1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer

2-4-2-2-2اندازهگیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE

3-2-2 پیشگویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین

3-2 مواد

1-3-2 ترکیبات استفادهشده

2-3-2 آنتی بیوتیک ها

3-3-2 آنتیبادیهای اولیه

4-3-2 آنتیبادیهای ثانویه

5-3-2 باکتریها

6-3-2 پلاسمیدها

7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها

8-3-2 کیتهای آزمایشگاهی

9-3-2 آنزیمها

10-3-2 نشانگرها

11-3-2 محلولها و بافرها

12-3-2 محیطهای کشت

1-12-3-2 محیطهایکشت CFA آگار

13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باكتریایی مستعد

14-3-2 محلولهای مورد نیاز به منظور نگهداری باکتریها

4-2 وسایل و دستگاهها

5-2 روشها

1-5-2 کشت باکتری

2-5-2 استخراج پلاسمید

1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی

3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت

4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژلآگارز با استفاده از کیت

6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی

1-6-5-2 مستعد سازی باکتریها

7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری

8-5-2 واکنش زنجیرهای پلیمراز(Polymerase chain reaction, PCR)

1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)

1-1. 9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته cstHدر وکتورpBR322

10-5-2 تائید صحت کلونهای واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)

11-5-2 بررسی پروتیئنها

1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری

2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)

1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین

3-11-5-2 وسترنبلاتینگ (Western Blotting)

4-11-5-2 لکهگذاری برای سلولهای باکتری

12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس

13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز

14-5-2 ویژگیهای پلاسمیدهای استفادهشده در این مطالعه

15-5-2 بررسی های آماری

فصل سوم: نتایج

1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی

1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات

2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیشگویی جایگاه مجاز در آن

1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف

2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها

3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهایآمینه سطحی

4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهایآمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون

5-2-1-3 پیشگویی و تعیین ساختار دوم

3-1-3 پیشگویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH

رساله دکتری

رشته زیست شناسی- گرایش ژنتیک ملکولی

طراحی نرم افزاری پپتید اختصاصی متصل شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

استادان راهنما

دکتر باقر یخچالی

دکتر مهدی صادقی

استاد مشاور

دکتر علی اصغر کارخانه

بهمن 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

فهرست مطالب

صفحه	عنوان
	فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
2	1-1 زیست فناوری
3	2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیستفناوری
3	1-2-1 پایگاهداده
4	1-1-2-1 جایگاه Expasy
4	2-1-2-1 پایگاهداده Swiss-Prot
7	3-1-2-1- پایگاهدادهProsite یا پایگاهداده موتیفها
9	3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیشگویی ساختار پروتئین
9	1-3-1 پیشگویی ساختار دوم پروتئینها
10	2-3-1 پیشگویی ساختار سوم پروتئینها
11	4-1 نمایش ساختار پروتئین
11	5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئینها
12	6-1 فلزات سنگین و اثرات زیستمحیطی آنها
14	7-1 منابع تولید کننده آلودگیهای فلزات سنگین
16	8-1 کادمیوم
16	9-1 حذف فلزات سنگین از محیطزیست
17	1-9-1 روشهای فیزیکوشیمیائی
17	1-1-9-1 روش اسمز معکوس
17	2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی
17	3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون
18	4-1-9-1 تبادل یونی
18	5-1-9-1 رسوبدهی شیمیایی
18	2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی
18	1-2-9-1 پاکسازی گیاهی
18	2-2-9-1 جذب زیستی
19	1-2-2-9-1 سازکارهای جذب زیستی
19	1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
20	1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی
20	2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
20	3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی
20	2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی
20	1-2-1-2-2-9-1 متیلهکردن فلز
21	2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن
21	3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
21	10-1 سازکارهای ورود فلزات سنگین به ریزسازوارهها
23	11-1 پروتئینها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
26	12-1 نمایش سطحی باکتریایی
27	1-12-1 نمایشسطحی در باکتریهای گرممنفی
29	2-12-1 نمایش پروتئینهای هترولوگ در باکتریهای گرم مثبت
30	13-1 افزایش جذبزیستی فلزات سنگین در باکتریهای گرم منفی با روشهای مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایشسطحی
33	14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
36	1-14-1 پیلیهای باکتریایی و پیلی CS3
39	1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
40	2-1-14-1 تنظیم بیان CS3
40	15-1 اهداف تحقیق
	فصل دوم: مواد و روشها
42	1-2 بررسیهای بیوانفورماتیکی
42	1-1-2 پایگاههایداده و برنامههای بیوانفورماتیکی
43	2-1-2 ساختار پروتئین و روشهای پیشگویی عملکرد
43	1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاهداده توالی
43	1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاهداده توالی
43	3-1-2 روشهای آنالیز ساختار اول
44	4-1-2 روشها و برنامهی پیشگویی ساختار و عملکرد پروتئین
46	5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
47	2-2 روشهای بیوانفورماتیکی
47	1-2-2 پیشگویی ساختار دوم
47	2-2-2 پیشگویی ساختار سوم پروتئینها و مدلسازی
49	1-2-2-2 جستجوی توالیهای مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاهداده PDB
49	2-2-2-2 مدلسازی مقایسهای
49	1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL
50	2-2-2-2-2 مدلسازی با برنامه Modeller
51	3-2-2-2 مدلسازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
52	4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
52	5-2-2-2 تغییرات RMSD
52	1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
53	2-4-2-2-2اندازهگیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
53	3-2-2 پیشگویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
54	3-2 مواد
54	1-3-2 ترکیبات استفادهشده
54	2-3-2 آنتی بیوتیک ها
54	3-3-2 آنتیبادیهای اولیه
54	4-3-2 آنتیبادیهای ثانویه
54	5-3-2 باکتریها
55	6-3-2 پلاسمیدها
57	7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها
58	8-3-2 کیتهای آزمایشگاهی
59	9-3-2 آنزیمها
59	10-3-2 نشانگرها
59	11-3-2 محلولها و بافرها
60	12-3-2 محیطهای کشت
60	1-12-3-2 محیطهایکشت CFA آگار
60	13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باكتریایی مستعد
60	14-3-2 محلولهای مورد نیاز به منظور نگهداری باکتریها
60	4-2 وسایل و دستگاهها
61	5-2 روشها
61	1-5-2 کشت باکتری
61	2-5-2 استخراج پلاسمید
61	1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
62	3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
62	4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژلآگارز با استفاده از کیت
62	6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
62	1-6-5-2 مستعد سازی باکتریها
63	7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری
64	8-5-2 واکنش زنجیرهای پلیمراز(Polymerase chain reaction, PCR)
64	1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
67	1-1. 9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته cstHدر وکتورpBR322
68	10-5-2 تائید صحت کلونهای واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
69	11-5-2 بررسی پروتیئنها
69	1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
70	2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
70	1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین
71	3-11-5-2 وسترنبلاتینگ (Western Blotting)
71	4-11-5-2 لکهگذاری برای سلولهای باکتری
72	12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
73	13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز
73	14-5-2 ویژگیهای پلاسمیدهای استفادهشده در این مطالعه
74	15-5-2 بررسی های آماری
	فصل سوم: نتایج
76	1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
76	1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
80	2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیشگویی جایگاه مجاز در آن
80	1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
87	2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
90	3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهایآمینه سطحی
93	4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهایآمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
94	5-2-1-3 پیشگویی و تعیین ساختار دوم
96	3-1-3 پیشگویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH
96	4-1-3 مدلسازی پروتئینهای هیبرید
98	2-3 نتایج آزمایشگاهی
98	1-2-3 ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم
101	2-2-3 کلونینگ DNA زیرواحد اصلی(CstH) جهشیافته در وکتور کلونینگ
103	1-2-2-3 غربالگری کلونهای دارای پلاسمیدهای نوترکیب
103	1-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتیبیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل
103	2-1-2-2-3 غربالگری با PCR
105	3-1-2-2-3 برش آنزیمی
105	4-1-2-2-3 تعیین توالی ژنهایCstH::Cbm وCstH::Cbβm در کلونهای نوترکیب
106	3-2-3 کلونینگ ژنهایcstH::cbm و cstH::cbβm در اپرون cst
108	1-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و cst::cbbm
109	1-1-3-2-3 تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی
110	2-1-3-2-3 تائید کلونیگ با PCR
112	4-2-3 بررسی بیان پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روشهای داتبلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین
113	1-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری
114	2-4-2-3 وسترن بلاتینگ
115	5-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط رنگآمیزی ایمونوفلورسانس
117	6-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتریهای بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب
119	1-6-2-3 جذب کادمیم
120	2-6-2-3 اختصاصیت اتصال
	فصل چهارم: بحث و نتیجهگیری
123	1-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستمهای بیان پروتئین
124	2-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن
129	3-4 مقایسه موتیفهای طراحیشده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتریهای نوترکیب ساختهشده در این پروژه با مطالعات پیشین	این مطلب را هم بخوانید : پایان نامه روانشناسی در مورد مفهوم سلامت روان در نظریه های روانکاوی - ایده پردازان پویا - روش ها و آموزش های کاربردی

135

4-4 پیشنهادات

136

منابع

144

پیوستها

فهرست جدولها

عنوان	صفحه
جدول 1-1. موتیفهای حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی	8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید كننده فاضلاب حاوی فلز سنگین	15
جدول 1-3. خانوادههای مهم پروتئینهای دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتریها	22
جدول1 -4. ارگانلهای سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل میشوند	35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپها و موتیفهای ارائه شده توسط پیلیها	38
جدول 2-1. پایگاههایداده و برنامههای بیوانفورماتیکی	42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی	43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین	43
جدول 2-4. روشهای جستجوی پروفایل و پترن	44
جدول 2-5. ابزارهای پیشگویی ساختار دوم	44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیشگویی ساختار سوم	45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی	46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق	56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتیدهای استفاده شده در این تحقیق	57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR	65
جدول 2-11. واكنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322	67
جدول 2-12. تركیبات مورد استفاده برای واكنش الحاق	68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتیژنی F1	81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روشهای محاسباتی به همراه امتیازات نمرهدهی بدست آمدهاست	87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهایآمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH	94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+ و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم	121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستمهای نمایشسطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق	133

فهرست شکلها

964-1-3 مدلسازی پروتئینهای هیبرید982-3 نتایج آزمایشگاهی981-2-3 ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم1012-2-3 کلونینگ DNA زیرواحد اصلی(CstH) جهشیافته در وکتور کلونینگ1031-2-2-3 غربالگری کلونهای دارای پلاسمیدهای نوترکیب1031-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتیبیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل1032-1-2-2-3 غربالگری با PCR1053-1-2-2-3 برش آنزیمی1054-1-2-2-3 تعیین توالی ژنهایCstH::Cbm وCstH::Cbβm در کلونهای نوترکیب1063-2-3 کلونینگ ژنهایcstH::cbm و cstH::cbβm در اپرون cst1081-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و cst::cbbm1091-1-3-2-3 تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی1102-1-3-2-3 تائید کلونیگ با PCR1124-2-3 بررسی بیان پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روشهای داتبلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین1131-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری1142-4-2-3 وسترن بلاتینگ1155-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط رنگآمیزی ایمونوفلورسانس1176-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتریهای بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب1191-6-2-3 جذب کادمیم1202-6-2-3 اختصاصیت اتصال فصل چهارم: بحث و نتیجهگیری1231-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستمهای بیان پروتئین1242-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن1293-4 مقایسه موتیفهای طراحیشده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتریهای نوترکیب ساختهشده در این پروژه با مطالعات پیشین1354-4 پیشنهادات136منابع144پیوستها

فهرست جدولها

عنوان	صفحه
جدول 1-1. موتیفهای حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی	8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید كننده فاضلاب حاوی فلز سنگین	15
جدول 1-3. خانوادههای مهم پروتئینهای دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتریها	22
جدول1 -4. ارگانلهای سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل میشوند	35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپها و موتیفهای ارائه شده توسط پیلیها	38
جدول 2-1. پایگاههایداده و برنامههای بیوانفورماتیکی	42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی	43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین	43
جدول 2-4. روشهای جستجوی پروفایل و پترن	44
جدول 2-5. ابزارهای پیشگویی ساختار دوم	44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیشگویی ساختار سوم	45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی	46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق	56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتیدهای استفاده شده در این تحقیق	57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR	65
جدول 2-11. واكنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322	67
جدول 2-12. تركیبات مورد استفاده برای واكنش الحاق	68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتیژنی F1	81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روشهای محاسباتی به همراه امتیازات نمرهدهی بدست آمدهاست	87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهایآمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH	94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+ و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم	121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستمهای نمایشسطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق	133

فهرست شکلها

موضوعات: بدون موضوع لینک ثابت

[ 01:02:00 ق.ظ ]

ارسال نظر »

دانلود پایان نامه ارشد:تبعیضات موجود در تجارت کالا و خدمات و چگونگی جلوگیری از آن

موضوعات: بدون موضوع لینک ثابت

[ 01:01:00 ق.ظ ]

ارسال نظر »

دانلود پایان نامه ارشد:طراحی و استقرار روش جدید سم زدایی سریع از واكسن سیاه سرفه

3-3-2-3. مراحل انجام کشت فرمانتوری باکتری سیاه سرفه…………………………………………………………….. 57

3-3-2-3-1. استریلیزاسیون فرمانتور…………………………………………………………………………………………………… 57

3-3-2-3-2. آماده سازی و بهینه سازی محیط کشت فرمانتوری……………………………………………………… 58

3-3-2-3-3. تلقیح بذر به محیط کشت در فرمانتور…………………………………………………………………………… 58

3-3-3. جداسازی باکتری سیاه سرفه از محیط کشت…………………………………………………………………………. 59

3-3-3-1. جداسازی سلول باکتری با استفاده از سانتریفوژ…………………………………………………………………. 59

3-3-3-2. جداسازی سلول باکتری با استفاده از سیستم میکرو فیلتراسیون……………………………………. 59

3-3-4. غیرفعال سازی سلول باکتری سیاه سرفه………………………………………………………………………………… 60

3-3-5. سمیت زدایی سوسپانسیون باکتری سیاه سرفه………………………………………………………………………. 60

3-3-5-1. سمیت زدایی با استفاده از فرمالین……………………………………………………………………………………… 61

3-3-5-2. سمیت زدایی با استفاده از تیومرسال………………………………………………………………………………….. 61

3-3-6. تست های کنترلی سوسپانسیون سیاه سرفه…………………………………………………………………………… 61

3-3-6-1. تست استریلیتی……………………………………………………………………………………………………………………. 61

3-3-6-2. تست کنترل غیرفعال بودن باكتری…………………………………………………………………………………….. 62

3-3-6-3. تست کنترل سمیت زدایی (MWGT) …………………………………………………………………………… 62

3-3-6-4. تست توانمندی……………………………………………………………………………………………………………………… 62

فصل چهارم: نتایج

4-1. تجدید حیات بذر بر روی محیط بورده ژانگو………………………………………………………………………………… 64

4-2. تهیه بذر در محیط وِروِی……………………………………………………………………………………………………………….. 64

4-3. کشت فرمانتوری باکتری سیاه سرفه برای تولید واکسن……………………………………………………………… 64

4-4. جداسازی باکتری سیاه سرفه از کشت………………………………………………………………………………………….. 67

4-5. غیرفعال سازی و سمیت زدایی باکتری سیاه سرفه برای تولید واکسن……………………………………… 69

4-5-1. سمیت زدایی با فرمالین…………………………………………………………………………………………………………….. 69

4-5-2. سمیت زدایی با تیومرسال…………………………………………………………………………………………………………. 69

4-6. آزمایش های کنترلی سوسپانسیون های سیاه سرفه……………………………………………………………………. 69

4-7. نتایج حاصل از آزمون MWG در کنترل توکسیسیتی سوسپانسیون های سلولی سیاه سرفه

سمیت زدایی شده با فرمالین و تیومرسال…………………………………………………………………………………………….. 72

4-8. آزمون MWG و مقایسه تغییرات اوزان موش ها……………………………………………………………………….. 75

4-9. تست توانمندی واکسن های آزمایشی سیاه سرفه……………………………………………………………………….. 80

فصل پنجم: بحث و پیشنهادات

بحث ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 83

نتیجه گیری و پیشنهادات ………………………………………………………………………………………………………………………. 88

منابع………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 89

خلاصه انگلیسی ……………………………………………………………………………………………………………………………………. 97

ضمایم ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 98

فهرست جداول

عنوان صفحه

جدول1-1. آنتی ژن های مختلف سیاه سرفه…………………………………………………………………………………………… 9