پایان نامه ارشد:طراحی و ساخت واکسن کاندید یونیورسال بر علیه ویروس های پاپیلوماانسانی سویه های 6.11.16.18.31.45 بر پایه پروتئین های L1 و L2 |
 |
فصل سوم: مواد و روش ها…104
3-1-مجموعه توالی های پروتئین.. 105
3-2-پیش بینی اپی توپ سلول B.. 105
3-3-قابلیت دسترسی اپی توپ به حلال. 106
3-4-محل های N-Glycosylated.. 107
3-5-ترجمۀ معکوس اولین ساختمان. 107
3-6-بهینه سازی کدون، تعیین کدون های نادر (rare codon) 108
3-9-ترانسفورم نمودن پلاسمید بیانی.. 111
3-11-بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس کم. 115
3-12-کشت انبوه سویه بیانی و تهیه جسم سلولی.. 117
3-13-بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس بالا. 117
3-14-الکتروفورز پروتئین در ژل آکریل آمید در حضور SDS. 119
3-15- رنگ آمیزی ژل با کوماسی بلوR-350.. 122
3-16-3- تشخیص با آنتی بادی.. 125
3-19-ارزیابی پروتئین تخلیص شده با روش SDS-PAGE. 127
3-20-تخلیص انبوه پروتئین نوترکیبHPV واکسن کاندید چند اپی توپی.. 128
3-21- دیالیز و تغلیظ پروتئین HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده 134
3-22- ارزیابی پروتئین تخلیص شده 136
3-23-1- طرز تهیه محلول های مورد نیاز. 137
3-23-2- طرز تهیه محلول برادفورد. 137
3-23-3- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین ذخیره با غلظت 1000μic/ml. 137
3-23-4- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین با غلظت 10,100mic/ml 137
3-24- بررسی خلوص پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با روش SDS-PAGE. 138
این مطلب را هم بخوانید :
3-25-بررسی پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با وسترن بلات.. 138
3-26-پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی.. 139
3-28-ادجوانت فروند ناقص…. 139
3-29-گروههای تجربی و واکسیناسیون موش‌ها 140
3-30- بررسی پاسخ های همورال. 141
3-30-1- بررسی سطح آنتی بادی توتال در رقت های مختلف سرمی.. 142
فصل چهارم: نتایج ….144
4-1-پیش بینی اپی توپ سلول B.. 145
4-2- قابلیت دسترسی اپی توپ ها 149
4-3-محل های N-Glycosylated.. 151
4-4-انتخاب اپی توپ ها و اتصال پپتیدها برای تولید ساختمان واکسن.. 153
4-5-ارزشیابی توالی پروتئین.. 155
4-6-ترجمۀ معکوس ساختمان اول. 157
4-7-نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش SDS-PAGE.. 159
4-8- نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش وسترن بلاتینگ… 161
4-9-نتایج بررسی پاسخ های ایمنی همورال. 162
4-9-1- نتایج بررسی سطح آنتی‌بادی توتال اختصاصی واکسن کاندید. 162
فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری………164
5-2-پیشنهادات و چشم اندازها 168
References …169
ضمائم:
فهرست اشکال :
شکل 2-1.ساختمان ویروس پاپیلوما……………………………………………………………………………………………………………………….16
شکل 2-2. نقشه ژنومی در پاپیلوما ویروس……………………………………………………………………………………………………………..18
شکل2-3.نمایی از تکثیر پاپیلوما ویروس در ارتباط با عملکرد پروتئین های غیرساختاری……………………………………………..18
شکل2-4. مواردی از عفونت پاپیلوما ویروس ها……………………………………………………………………………………………………..30
شکل 2-5. مراحل اصلی پاپیلوماویروس و محل آنها در اپی تلیوم اسکوآموس…………………………………………………………….41
شکل 2-6. ساختار شماتیک و توالی ژنی ناحیه بیانی pET-28a(+)…………………………………………………………………………..99
شکل4-1. نمایش انتخاب اپی توپ ها با میزان بالای قابلیت دسترسی به حلال ، در اینجا ساختمان های پروتئین L1 از سروتایپ های HPV 11, 16, 18, 31, 45 نشان داده شده اند…………………………………………………………………………………151
شکل4-2.طراحی اولیه ساختار اپی توپ های منتخب ، E1 تا E10 برای پروتئین L1 و E11 تا E20 برای L2 طراحی شدند………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..155
شکل 4-3. آنالیز آنتی ژنی سیتی ساختمان توسط برنامه پروتئان آنالیز ،. این نتایج نشان داد که قسمت های اصلی ساختار پروتئنی جدید خصوصیات هیدروفیلیک دارد، بنابراین توان آنتی ژنیک را دارد……………………………………………………………157
شکل4-4. توالی ترجمه شده معکوس برای بهینه سازی کدون و کدون نادر برای افزایش سطح بیان ژن و انحلال پذیری پروتئین ارزشیابی شد. به این منظور OPTIMIZER و سرورهای GenScript با هم بکار برده شدند…………………..158
ششکل 4-5. نتایج ترجمه معکوس و بهینه سازی …………………………………………………………………………………………………159
شکل 4-6.نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی و مشاهده باند در محدوده 45 کیلو دالتون……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….160
شکل4-7. pET28a(+)/HPV، SDS-PAGE قبل و بعد از تخلیص پروتئین ، نتیجه تخلیص به صورت تک باند و در محدوده 45KD است………………………………………………………………………………………………………………………………………….160
شکل4-8. نتایج Western Blot و SDS-PAGE ، نتیجه در محدوده 45KD است……………………………………………..161
شکل4-9. SDS-PAGE بعد از تخلیص انبوه پروتئین ، نتیجه به صورت تک باند و در محدوده 45KD است…………..162
فهرست جداول:
جدول 2-1. خصویات واکسن چهار ظرفیتی و دوظرفیتی HPV ……………………………………………………………………………….53
جدول 2-2.واکسن های پیشگیری کننده در حال توسعه……………………………………………………………………………………………61
جدول2-3.واکسن های درمانی HPV درحال توسعه………………………………………………………………………………………………..62
ﺟﺪول2-4.ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B ﻣﺨﺘﻠﻒ ……………………………………………………..72
ﺟﺪول 2-5. ﺗﻌﺪادی از اﺑﺰارهای ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ………………………………………………………….75
ﺟﺪول 2- 6 . ﻣﻨﺎﺑﻊ ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮلB ……………………………………………………………………………80
جدول3-1. سکانس های استفاده شده برای طراحی ساختار کاندید یونیورسال واکسن HPV……………………………………..105
جدول3-2.گروه بندی موش های مورد مطالعه………………………………………………………………………………………………………141
جدول 4-1. پیش بینی اپی توپ سروتیپ های HPV 11.16.18, 31, 45 با استفاده از سرور BCPREDS……………….149
جدول 4-2.فهرست نتایج مدل سازی همولوژی برای پروتئین های L1 از HPV نوع های 11، 16، 18، 31 و 45………..150
جدول4-3. امتیاز و محدوده آسپاراژین در توالی اپی توپ ها را نشان می دهد…………………………………………………………153
جدول4-4. 20 اپی توپ مناسب انتخاب شده از پروتئین های L1 و L2 ………………………………………………………………154
جدول 4-5. نتایج طراحی پروتئین و محاسبه پارامترهای مربوطه……………………………………………………………………………..156
فهرست نمودار ها :
نمودار 4-1. نتایج بررسی سطح آنتی بادی توتال در گروههای تجربی…………………………………………………………………….163
فرم در حال بارگذاری ...
|
[چهارشنبه 1399-07-02] [ 12:58:00 ق.ظ ]
|
