2-1- مشخصات گیاهشناسی برنج……………………………………….. 7
2-2- وضعیت ژنتیکی برنج…………………………………………………… 7
2-3- مهندسی تولید متابولیتهای ثانویه درگیاهان………………………. 8
2-4- ژنهای مسئول بیوسنتز فلاوونوئیدها و آنتوسیانینها……………….. 9
2-5- برنج رنگی……………………………………………………………… 11
2-6- نشانگرها در برنامه های اصلاحی………………………………….. 12
2-6-1- تعریف نشانگر………………………………………………………. 12
2-6-2- انواع نشانگرها…………………………………………………….. 13
2-6-2-1- نشانگرهای موفولوژیکی…………………………………………13
2-6-2-2- نشانگرهای سیتوژنتیکی………………………………………. 13
2-6-2-3- نشانگرهای بیوشیمیایی……………………………………… 14
2-6-2-4- نشانگرهای مولکولی…………………………………………… 14
2-6-2-4-1- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA……………………….
2-6-2-4-1-1- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر هیبریداسیون…………… 15
2-6-2-4-1-2- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز..16
2-6-2-4-1-3- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر PCR و هیبریداسیون….. 16
2-6-2-4-1-4- نشانگرهای مبتنی بر توالییابی (SNPها) و تراشه DNA….
2-7- کاربرد نشانگرهای مولکولی………………………………………. 17
2-8- انتخاب میان انواع مختلف نشانگرها…………………………….. 19
2-9- کاربرد نشانگرهای مولکولی در برنج……………………………… 19
2-10- انتخاب به کمک نشانگرها……………………………………….. 21
2-11- استفاده از نشانگرهای مولکولی درتهیه نقشه ژنتیکی……… 21
2- 12- ریزماهواره…………………………………………………………. 22
2-12-1- تشخیص آللهای ریزماهواره……………………………………. 24
2-12-2- مزایای نشانگرهای ریزماهواره………………………………… 24
2-12-3- مشکلات کار با ریزماهواره…………………………………….. 25
2-12-3-1- اشتباهات آلل خوانی……………………………………….. 25
2-12-3-2- آللهای صفر……………………………………………………. 26
2-12-3-3- اندازه نمونه مورد نیاز………………………………………… 26
2-12-4- ریزماهوارهها درگیاهان و برنج………………………………….. 27
2-12-5- کاربردهای ریزماهواره…………………………………………… 28
2-13- نقشه های پیوستگی ژنتیکی…………………………………… 28
2-14- ویژگیهای نقشه…………………………………………………….. 29
2-15- سابقه نقشه یابی صفت رنگ دربرنج…………………………… 30
2-15-1- ارتباط بین رنگ پریکارپ وصفت گلوتیوز ………………………..33
2-15-2- توارث رنگ نوک دانه و ارتباط آن با صفات دیگر……………….. 33
2-15-3- روابط بین رنگ کلاله با صفات دیگر…………………………….. 34
2-15-4- ارتباطات بین رنگ پوشبرگ و صفات دیگر…………………….. 34
2-15-5- ارتباط بین رنگ کلاله و رنگ پوشبرگ…………………………. 35
2-15-6- ارتباط بین رنگ زبانک با صفات دیگر………………………….. 35
2-15-7- ارتباطات بین رنگ زبانک و رنگ پریکارپ……………………… 35
2-15-8- نشاندار کردن ژنهای مهم اقتصادی و انتخاب به کمک نشانگر (همراه)…36
2-15-9- مطالعه ژنتیکی و نشاندارکردن ژن صفت رنگ در برنج……… 37
فصل سوم: مواد و روشها
3-1- مواد گیاهی…………………………………………………………. 41
3-1-1- رقم 18-33DN-……………………………………………………
3-1- 2- رقم ندا ……………………………………………………………42
3-2- کشت والدین و جمعیت F2…………………………………………
3-3- تهیه نمونه برگی…………………………………………………… 43
3-4- ارزیابی صفت……………………………………………………….. 44
3-5- استخراج DNA ………………………………………………………
3-5-1- روش استخراج DNA……………………………………………..
3-6- بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده…………………… 49
3-6-1- ازطریق اسپکتروفتومتر…………………………………………. 49
3-6-2- به وسیله الکتروفورز ژل آگارز…………………………………… 49
3-7- بارگذاری نمونه ها و اجرای الکتروفورز…………………………… 50
این مطلب را هم بخوانید :
3-8- آماده سازی آغازگرهای ریزماهواره……………………………… 51
3-9- انجام واکنش PCR………………………………………………….
3-10- تجزیه وتحلیل داده ها…………………………………………….. 54
فصل چهارم: نتایج و بحث
4-1- ارزیابی فنوتیپی…………………………………………………… 57
4-2- ارزیابی مولکولی…………………………………………………… 58
4-2-1- غربال والدین……………………………………………………… 58
4-2-2- تحلیل لینکاژ ………………………………………………………60
4-3- ارزیابی نشانگر RM253 در ارقام دیگر برنج……………………… 64
فصل پنجم
پیشنهادات……………………………………………………………….. 68
منابع………………………………………………………………………..70
ضمائم
لیست پرایمرهای بکار رفته در پژوهش………………………………… 79
تهیه محلولهای مادری…………………………………………………… 81
ماتریس دادههای مولکولی و فنوتیپی…………………………………. 83
چکیده:
وجود رنگدانه های آنتوسیانین در برنج عامل اصلی تولید پایه ساقه ارغوانی رنگ محـسوب میشود. رنگ پایه ساقه در برنج رابطه مستقیم و قوی با تشکیل دانه های رنگی در برنج دارد که در زیر پوسته آنها به دلیل تراکم متفاوت رنگیزههای آنتوسیانین در لایههای مختلف پریکارپ، پوشش دانه و آلورون، رنگهای سرخ، ارغوانی و سیاه مشاهده میشود. بمنظور درک درست از مسیر بیوسنتزی آنتوسیانین که اطلاعات مفیدی را در زمینه بیولوژی مولکولی و ژنتیک برنج به همراه خواهد داشت، الگوی تفرق ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از تعداد 123 تک بوته از جمعیتF2 حاصل از تلاقی 18-33 – DN و ندا مورد مطالعه قرار گرفت. ارزیابی تک بوتههای F2 بر اساس رنگ پایه ساقه نشان داد تعداد 83 بوته رنگی (ارغوانی) و تعداد 40 بوته بیرنگ تولید شده نسبت تفرق 1 :075/2 را ایجاد مینماید. آماره c2 این نسبت تفرق برابر 48/3 بود که از نسبت تفکیک 3:1 اختلاف معنی داری را نشان نداد (95/0p < ). در نتیجه ثابت شد که صفت مورد نظر از سیستم کنترل تک ژنی تبعیت مینماید. مطالعات انجام شده با استفاده از 59 نشانگر مولکولی میکروساتلیت میزان 28 درصد چند شکلی بین والدین را نشان داد و آنالیز پیوستگی روی تک بوتههای مغلوب جمعیت F2 از تلاقی ندا × 18-33 – DNثابت کرد که ژن رنگ پایه ساقه بر روی بازوی کوتاه کروموزوم شماره 6 برنج با نشانگرRM253 که در فاصله 15 سانتی مورگان از ژن قرار دارد همبسته می باشد.
فصل اول: مقدمه
1-1- تولیدکنندگان برنج
برنج پس از گندم دومین غله مهم در دنیا به حسـاب میآید و به عنوان یکی از مهمترین محصولات استراتژیک جهان از اهمیت و جایگاه ویژهای برخوردار است، نزدیک به 90 درصد سطح زیر کشت و تولید برنج متعلق به کشورهای خاور دور میباشد. بیش از نصف محصول برنج دنیا در دو کشور هند و چین تولید میشود. به طور کلی، کشورهای گرمسیری و نیمه گرمسیری برمه، تایلند، ویتنام، لائوس، اندونزی، فیلیپین، پاکستان، هند، آمریکا، ژاپن، ایتالیا، مصر، چین، برزیل، کوبا، مکزیک و استرالیا از تولیدکنندگان عمده برنج به شمار میآیند. میزان تولید برنج در تایلند، برمه، ویتنام و لائوس بیش از مصرف داخلی آنهاست و بنابراین نزدیک به 90 درصد برنج موجود در بازارهای دنیا متعلق به این 4 کشور میباشد (53).
2-1- کشت برنج در ایران
کشت برنج در ایران در نواحی شمالی و در نواحی جنوبی به ویژه خوزستان تاریخچه طولانی دارد. شواهد نشان میدهد که این محصول در این ناحیه، قرنها پیش از میلاد مسیح و در زمان هخامنشیان رواج داشته است. در ایران اسلامی نیز علی رغم دستاوردهای خوب تحقیقاتی و قریب به 600 هکتار زیر کشت برنج، متاسفانه به دلیل استفاده ناصحیح و توسعه محدود ارقام اصلاح شده و با توجه به رشد روز افزون جمعیت ایران، تولید داخلی برنج پاسخگوی نیاز مردم نیست و مقادیر قابل توجهی از خارج وارد میشود. افزایش تولید به دو روش افزیش سطح زیر کشـت و افزایش در واحد سطـح امـکانپذیر میباشد. بدلیل محدود بودن زمینهای زراعی و نیز کمبود شدید آب، بدون تردید باید تولید را در واحد سطح با استفاده از روشهای بهزراعی و بهنژادی افزایش داد. دستیابی به خودکفایی در تولید برنج و حفظ ثبات قیمت آن، از جمله اهداف مهم در کشورهای کم درآمدی است که برنج بعنوان تنها غذای اصلی، اساس تأمین نیازهای غذایی بوده و برای مردم فقیر و آسیب پذیر این کشورها شغل و درآمد ایجاد می نماید(53).
3-1- متابولیت های ثانویه در گیاهان
بعضی از موجودات زنده خصوصاً گیاهان، طیف وسیعی از ترکیبات موسوم به متابولیتهای ثانویه را تولید میکند. در مفهوم کلی، متابولیتهای ثانویه ترکیبات آلی هستند که نقش ضروری در رشد و نمو موجود زنده ندارند. با مطالعاتی که تا کنون صورت گرفته است، به نظر میرسد که متابولیتهای ثانویه به عنوان مواد طبیعی نقش اکولوژیکی مهمی در واکنشهای دفاعی گیاهان و همچنین گرده افشانی و انتشار دانههای گیاهان به وسیله حشرات و حیوانات دارند. بعضی از این ترکیبات به عنوان علفکش و حشره کش در صنعت استفاده میشوند در حالی که برخی دیگر کاربرد صنعتی ندارند. دسته بزرگی از متابولیت های ثانویه کاربرد دارویی و پزشکی دارند. ترکیبات دیگری از این گروه نیز نقش مهمی در تغذیه انسان و دام و كیفیت مواد غذایی (رنگ، طعم و بو) مختلف دارند (72).
به دلیل كاربردهای فراوان، متابولیتهای ثانویه موضوع جالبی برای تحقیقات اصلاح نباتات از طریق روشهای مولكولی و مهندسی ژنتیـك محسـوب میشوند. مطالعه در زمینه وظایف این تركیبات در گیاهان، یك موضوع جالب و مهم برای بسیاری از پروژههای تحقیقاتی شده است و نقش تعدادی از این تركیبات مورد بررسی و تحقیق قرار گرفته است.
در ده سال گذشته تحقیقات چندانی در ارتباط با متابولیتهای ثانویه انجام نشده است. مانع بزرگ در انجام این تحقیقات اطلاعات اندك از مسیرهای تولید زیستی متابولیتهای ثانویه و برهم كنش آنزیمهای درگیر در این مسیر همچنین اطلاعات محدودی از ژنهای مربوط به متابولیتهای ثانویه در دسترس است. یكی از مسیرهایی كه مطالعات بیشتری در سطح ژنهای دست اندركار آن نسبت به دیگر متابولیتهای ثانویه انجام شده است، مسیـر تولید فلاوونوئیدها و آنتوسیـانینها است (20). اكثـر ژنهای درگیر در مسیر تولید آنتوسیانینها همسانهسازی شده و مطالعات فراوانی در سطح بیوشیمیایی، مولكولی و ژنتیك این دست از متابولیتهای
[سه شنبه 1399-07-01] [ 07:14:00 ق.ظ ]
|