گروه آموزشی شیمی

پایان­نامه تحصیلی جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد

رشته: شیمی     گرایش الی

 

عنوان:

مطالعه QSAR بر روی مشتقات pyrrolo[3,2-d]pyrimidine-7-carbonitrile برای داروهای ضد دیابت

 

استاد راهنما:

 دکتر قاسم قاسمی 

 

شهریور 1393

 

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب

عنوان                                           صفحه

پیشگفتار. 1

چکیده 2

فصل اول: کلیات

1-1- مقدمه. 5

1-2- كمومتریكس… 5

1-2-1- كاربردهای كمومتریكس… 6

1-3- مزایای روش های محاسباتی نسبت به روش های آزمایشگاهی.. 6

1-4- QSAR.. 7

1-5- رگرسیون. 7

1-6- روش های پارامتری.. 8

1-6-1- کالیبراسیون یک متغیره و چند متغیره 9

1-6-2- حداقل مربعات کلاسیک(CLS) 9

1-6-3- حداقل مربعات معکوس(ILS) 9

1-6-4- رگرسیون خطی چندگانه (MLR) 9

1-6-5- حداقل مربعات جزئی(PLS) 10

1-6-6- آنالیز اجزاء اصلی(PCA) 10

1-6-7- رگرسیون اجزاء اصلی (PCR) 11

1-6-8- رگرسیون چند متغیره غیر خطی(MNR) 12

1-6-9- منطق فازی.. 12

1-6-9-1-كاربرد های منطق فازی.. 13

1-6-10- شبکه های عصبی مصنوعی (ANN) 13

1-6-10-1- ویژگی های شبكه عصبی.. 14

1-6-10-2- مزایای شبكه عصبی.. 16

1-6-10-3- كاربرد های شبكه عصبی.. 16

1-6-11- الگوریتم ژنتیکی (GA) 17

1-6-11-1- قوانین داروین.. 18

1-6-11-2- ویژگی های الگوریتم ژنتیک… 18

1-6-11-3- نقاط قوت الگوریتم های ژنتیک… 20

1-6-11-4- محدودیت های الگوریتم های ژنتیک… 21

1-6-11-5- روش های انتخاب برای الگوریتم‌ ژنتیک… 21

1-7- دیابت… 22

1-7-1- دسته‌بندی و سبب‌شناسی دیابت… 23

1-7-1-1- دیابت نوع یک… 24

1-7-1-2- دیابت نوع دو. 25

1-7-1-3- دیابت بارداری.. 25

1-7-1-4- انواع دیگر دیابت… 26

1-8- وضعیت دیابت در جهان. 29

1-9- مرگ ومیر ناشی از دیابت… 29

1-10- هزینه های دیابت… 29

1-11- پیشگیری و کنترل دیابت… 30

1-12- داروها 30

1-12-1- سولفونیل اوره‌ ها 31

1-12-2- بی‌ گوانیدها 32

1-12-3- آکاربوز. 32

1-12-4- تیازولیدیندایون‌ها (TZD) 33

1-12-5- مگلی تینایدها 33

فصل دوم: روش کار

2-1- رسم مشتقات… 36

2-1-1- اضافه كردن متد و بهینه سازی مشتقات… 36

2-1-2- اضافه كردن توصیفگرهای مولكولی به مشتقات… 36

2-1-3- ساختن ماتریس و غربالگری توصیفگرها برای مشتقات… 37

2-1-4- محاسبات GA.. 38

2-1-5- محاسبات GA-ANN.. 39

2-1-6- محاسبات جك نایف… 39

2-1-7- محاسبات GA –MLR.. 39

2-1-8- تجزیه و تحلیل با روش هایPLS ، PCR و MLR.. 40

2-1-9- تجزیه و تحلیل با روش های GA-MCR،GA-PLS ،GA-PCR ، GA-MLR و GA-RS. 40

2-1-10- پیش بینی ساختار. 40

بخش دوم: بحث و نتیجه گیری

2-2- بحث و نتیجه گیری.. 42

پیشنهاد برای کارهای اینده 124

منابع و مأخذ. 125

فهرست جداول

عنوان                                                                                                           صفحه

جدول1. ساختار مربوط به مشتقات… 57

جدول2. مقادیر عددی پارامتر RMSE با روشGA-ANN  برای همبستگی های مختلف… 60

جدول3. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3. 60

جدول4. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4. 61

جدول5. مقادیر عددی پارامتر RMSE با روش GA-ANN برای همبستگی با هدف 0.3. 61

جدول6. مقادیر عددی پارامتر RMSE با روش GA-ANN برای همبستگی با هدف 0.4. 62

جدول7. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 2  62

جدول8. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 3  62

جدول9. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 4  63

جدول10. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 5  63

جدول11. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 6  63

جدول12. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 7  64

جدول13. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 8  64

جدول14. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه    9  64

جدول15. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  10  65

جدول16. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  11  65

جدول17. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  2  65

جدول18. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  3  66

جدول19. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  4  66

جدول20. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  5  66

جدول21. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  6  67

جدول22. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  7  67

جدول23. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  8  67

جدول24. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  9  68

جدول25. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  10  68

جدول26. توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه  11  68

جدول27. پارامترهای بدست آمده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی 0.3برای لایه های مختلف   69

جدول28. پارامترهای بدست آمده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی  0.4برای لایه های مختلف   69

جدول29. مقادیر عددی توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3  70

جدول30. مقادیر عددی توصیفگرهای انتخاب شده با روش GA-stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4  72

جدول31. پارامترهای بدست آمده با روش PLS برای همبستگی0.3 برای لایه های مختلف… 73

جدول32. پارامترهای بدست آمده با روش GA-PLS برای همبستگی 0.3 برای لایه های مختلف… 74

جدول34. پارامترهای بدست آمده با روش PCR برای همبستگی های مختلف… 75

جدول35. پارامترهای بدست آمده با روش GA-PCR برای همبستگی 0.3 برای لایه های مختلف… 75

جدول36. پارامترهای بدست آمده با روش GA-PCR برای همبستگی 0.4 برای لایه های مختلف… 76

جدول37. مقادیر عددی پارامترRMSE با روش GA-ANN برای لایه های فرد و همبستگی های مختلف… 76

جدول38. مقادیر عددی پارامترRMSE با روش GA-ANN برای لایه‎های زوج و همبستگی های مختلف… 76

جدول39. مقادیر عددی پارامتر RMSE و R2 با روش جک نایف برای لایه های فرد و همبستگی های مختلف   77

جدول40. مقادیر عددی پارامتر RMSE و R2 با روش جک نایف برای لایه های زوج و همبستگی های مختلف   77

جدول41. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 2-1 و همبستگی با هدف 0.3. 77

جدول42. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه3-1 و همبستگی با هدف 0.3  78

جدول43. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 4-1 و همبستگی با هدف 0.3. 78

جدول44. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه5-1 و همبستگی با هدف 0.3. 79

جدول45. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 6-1 و همبستگی با هدف 0.3. 79

جدول46. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 7-1 و همبستگی با هدف 0.3. 80

جدول47. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 8-1 و همبستگی با هدف 0.3. 80

جدول48. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 9-1 و همبستگی با هدف 0.3. 81

جدول49. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 10-1 و همبستگی با هدف 0.3. 81

جدول50. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 11-1 و همبستگی با هدف 0.3. 82

جدول51. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 2-1 و همبستگی با هدف 0.4. 82

جدول52. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 3-1 و همبستگی با هدف 0.4. 83

جدول53. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه  4-1و همبستگی با هدف 0.4. 83

جدول54. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 5-1 و همبستگی با هدف 0.4. 84

جدول55. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 6-1 و همبستگی با هدف 0.4. 84

جدول56. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 7-1 و همبستگی با هدف 0.4. 85

جدول57. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 8-1 و همبستگی با هدف 0.4. 85

جدول58. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 9-1 و همبستگی با هدف 0.4. 86

جدول59. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 10-1 و همبستگی با هدف 0.4. 86

جدول60. مقادیر عددی از مشاهداتlog (1/IC50) ، پیش بینی جک نایف و Ө∆ برای لایه 11-1 و همبستگی با هدف 0.4. 87

جدول61. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3. 87

جدول62. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 2  88

جدول63. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 3  88

این مطلب را هم بخوانید :

جدول64. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 4  89

جدول65. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 5  89

جدول66. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 6  90

جدول67. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 7  90

جدول68. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 8  91

جدول69. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 9  91

جدول70. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 10  92

جدول71. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 11  92

جدول72. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4. 93

جدول73. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 2  93

جدول74. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 3  94

جدول75. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 4  94

جدول76. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 5  95

جدول77. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 6  95

جدول78. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 7  96

جدول79. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 8  96

جدول80. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه9  97

جدول81. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه10  97

 

جدول82. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PLS، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه11  98

جدول83. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روشPCR ، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3. 98

جدول84. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  2  99

جدول85. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3برای لایه  3  99

جدول86. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  4  100

جدول87. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  5  100

جدول88. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  6  101

جدول89. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  7  101

جدول90. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3برای لایه  8  102

جدول91. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه  9  102

جدول92. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 10  103

جدول93. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 11  103

جدول94. مقادیرعددی مشاهدات،پیش‎بینی با روشPCR ، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف0.4. 104

جدول95. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 2  104

جدول96. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 3  105

جدول97. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف  0.4برای لایه 4  105

جدول98. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 5  106

جدول99. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 6  106

جدول100. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 7  107

جدول101. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 8  107

جدول102. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 9  108

جدول103. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 10. 108

جدول104. مقادیر عددی مشاهدات، پیش بینی با روش GA-PCR، Ө∆ و انحراف برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 11. 109

فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                           صفحه

نمودار1. نمودارهای بدست آمده از روش GA برای همبستگی با هدف 0.3 برای لایه 2. 111

نمودار2. نمودار های بدست آمده از روش GA برای همبستگی با هدف 0.4 برای لایه 2. 112

نمودار3. نمودار بدست آمده از روش GA-ANN برای همبستگی با هدف 0.3. 112

نمودار4. نمودار بدست آمده از روش GA-ANN برای همبستگی با هدف 0.4. 113

نمودار5. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 2. 113

نمودار6. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 3. 114

نمودار7. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 4. 114

نمودار8. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 5. 115

نمودار9. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 6. 115

نمودار10. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 7. 116

نمودار11. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 8. 116

نمودار12. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 9. 117

نمودار13. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 10. 117

نمودار14. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.3 در لایه 11. 118

نمودار15. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 2. 118

نمودار16. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 3. 119

نمودار17. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 4. 119

نمودار18. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 5. 120

نمودار19. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 6. 120

نمودار20. نمودار بدست آمده از روش stepwise MLR برای همبستگی با هدف 0.4 در لایه 7. 121