پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد

گرایش اکولوژی تاکسونومی

 عنوان:

بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت­های بلوط ایرانی(Lindl. Quercus brantii) در بخشی از منطقه زاگرس با استفاده از مارکر مولکولی SRAP

اساتید راهنما:

دکتر فاطمه رحمانی

دکتر محمد حسن جعفری صیادی

بهمن ماه 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب

 عنوان                                                      صفحه

فصل اول: کلیات

• مقدمه و هدف-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد– 2–
• گیاهشناسی تیره راش Fagaceae—- 3
• شرح تاکسونومیک جنس بلوط Quercus————— 4

1-3-1 خصوصیات تاکسونومیک گونه  Quercus brantii— 5

• پراکندگی جهانی این جنس ——— 6
• پراکندگی این جنس در ایران——– 7
• شرایط اکولوژیکی—————- 8
• ترکیبات شیمیایی بلوط ———— 8
• اهمیت درمانی بلوط————— 8
• مصرف خوراکی بلوط———— 10
• اهمیت اقتصادی بلوط———— 10
• تنوع ژنتیکی-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد– 11

1-11-1- اهمیت تنوع ژنتیکی و روش­های مختلف ارزیابی آنبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد————– 12

• انواع نشانگرها-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد 12

1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی– 13

1-12-2- نشانگرهای بیوشیمیایی— 13

1-12-3- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA ——— 14

1-12-3-1- نشانگرهای غیر مبتنی برPCR ——- 15

1-12-3-2- نشانگرهای مبتنی برPCR ———- 16

1-12-3-2-1 نشانگرPAPD ———– 17

1-12-3-2-2 نشانگرAFLP ———— 17

1-12-3-2-3 نشانگرSSR ————- 17

1-12-3-2-4 نشانگرISSR ———— 18

1-12-3-2-5 نشانگرSRAP  و مزایا و معایب آنبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد————- 19

• کاربرد نشانگر(مارکر)هایDNA — 20
• واکنش زنجیره­ای پلیمراز(PCR)—- 21

1-14-1- مراحل واکنش زنجیره­ای پلیمراز————- 22

• تجزیه و تحلیل داده­ها———— 24

1-15-1 دندروگرام————- 24

1-15-2 تجزیه خوشه ای——— 25

1-15-3 ضریب شباهت———- 26

1-15-4 انتخاب الگوریتم——— 26

• بررسی كارآیی الگوریتم مورد استفاده در تجزیه كلاستر—– 26
• شاخص شانون-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد 27
• این مطلب را هم بخوانید :
• بایگانی‌های پایان نامه مدیریت - منبع دانلود فایل های پایان نامه ارشد
• بررسی تنوع و تفاوت ژنتیکی بین جمعیت­ها براساس آنالیز Neiبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد————– 27
• سابقه تحقیق-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد– 28

1-15-1- مروری بر برخی پژوهش­های انجام شده بر روی Quercus brantii Lindl.———— 28

1-15-2- مروری بر برخی پژوهش­های انجام شده با استفاده از نشانگرSRAPبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد– 28

فصل دوم: مواد و روش­ها

2-1- انتخاب مناطق و جمعیت­ها— 33

2-2- جمع­آوری نمونه ها و آماده سازی آنها 34

2-3- استخراج DNA از نمونه های گیاهی- 34
2-3-1- آماده کردن نمونه ها 34

2-3-2- استخراج DNA– 35

2-3-2-1- مواد موردنیاز 35

2-3-2-2- روش کار- 36

2-4- تعیین كیفیت وكمیت DNA– 37

2-5- واكنش زنجیره ای پلیمراز) (PCR– 39

2-6- الکتروفورز- 41

2-6-1- محلول اتیدیوم بروماید- 42

2-6-2- تهیه ژل الکتروفورز- 43

2-6-3- الکتروفورز محصول PCR– 43

2-7- تجزیه و تحلیل داده ها 44

فصل سوم: نتایج و بحث

3-1پلی­مورفیسم -بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد——- 46

3-2 بررسی پارامترهای اصلی تنوع ژنتیکی همه لوکوس­ها در جمعیت­های گونهQuercus brantii Lindl.——- 50

3-3 بررسی تنوع و تفاوت ژنتیکی بین جمعیت­ها براساس آنالیز Nei—- 52

3-4 شباهت و فاصله ژنتیکی بین 5 جمعیت—– 54

3-5 بحث و نتیجه­گیری کلی—————- 55

3-6 پیشنهادات-بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد——– 59

منابع– 62

فهرست شکل­ها

شکل1- 1 پراکندگی جهانی جنس بلوط (Quercus)————- 6

شکل 1-2  پراکندگی جنس بلوط(Quercus) در ایران———— 7

شکل 1-3  نمایی از گونه Quercus brantii Lindl.———— 10

شکل 1-4  نحوه اتصال پرایمرهای forward  و reverse به DNA الگوبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد————– 20

شکل 1-5  واکنش زنجیره­ای پلی­مراز——— 24

شکل2- 1  جمعیت­ها و مناطق بررسی شده در این تحقیق———– 33

شکل2-2 نمونه­های برگ تازه در آزمایشگاه—– 34

شکل 2-3 دستگاه اسپکتروفتومتر برای تعیین کمیت DNA——– 38

شکل 2-4 دستگاه ترموسایکلر————- 41

شکل 2-5 دستگاه الکتروفورز عمودی——– 42

شکل 2-6 ساختار اتیدیوم برماید———– 42

شکل 2-7 دستگاه ژل داک—————- 43

شکل 3-1 الگوی باندی پرایمر————– 46

شکل 3-2 دندروگرام ژنوتیپ های مورد بررسی– 55

فهرست جداول:

جدول 2-1  اسامی جمعیت­ها و مناطق بررسی شده در این تحقیق—- 33

جدول 2-2  مواد استفاده شده در PCR—— 39

جدول 2-3  برنامهPCR -بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد 40

جدول 2-4  پرایمرهای مورداستفاده در آزمایش- 40

جدول 3-1  نتایج کدگذاری آغازگر Me2-Em2 برای همه­ی جمعیت­هابلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد————– 47

جدول 3-2  نتایج چندشکلی پرایمرهای استفاده شده در این تحقیق— 49

جدول 3-3  پارامترهای تنوع ژنتیکی همه لوکوس­ها در کل نمونه­ها بر اساس مارکر SRAPبلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد———- 51

جدول 3-4 شاخص­های تنوع بین جمعیتی HT، HS، GST و Nem در جمعیت­های Q. brantii————— 53

جدول 3-5 جدول ماتریس تشابه بدست آمده برای نشانگر SRAP در بین جمعیت­هابلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد—– 54

چکیده

بلوط (Quercus) یکی از مهمترین جنس­های چوبی نیمکره شمالی است. این جنس از اصلی­ترین گونه­های درختی ایران به شمار می­رود. تاکسونومی و ارتباط تکاملی جمعیت­های بلوط ایرانی بر اساس مارکرهای  مولکولی به طور گسترده­ای مطالعه نشده است. در این مطالعه، ارتباط ژنتیکی جمعیت­های بلوط با به کارگیری مارکر SRAP امتحان شد. پنج جمعیت بلوط از مناطق مختلف زاگرس شامل یاسوج، برمدشت، بیستون، آبدانان و خوزستان جمع­آوری و آنالیز شدند. یازده جفت پرایمر SRAP در کل نمونه­ها 32 باند از 100 تا 400bp ایجاد کردند. 27 تا از این باندها پلی­مورف بودند و درصد پلی­مورفیسم38/84% به دست آمد. ضریب تشابه نی محاسبه شد و دندروگرام بر اساس UPGMA از روی داده­های SRAP ترسیم شد. داده­های SRAP با به کارگیری نرم­افزار popgene در چهار خوشه دسته­بندی شد. آنالیز ژنتیکی دامنه تشابه ژنتیکی بین جمعیتی نسبتاً بالا از حداقل 8818/0 بین یاسوج و برمدشت تا حداکثر 9587/0 بین بیستون و آبدانان را نشان داد. جمعیت­های مطالعه شده بلوط تنوع بالایی را نشان دادند: شمار آلل موثر 46/1 بود و شاخص تنوع ژنتیکی شانون (I) به طور متوسط 69/41% بود. جمعیت­های امتحان شده اختلاف ژنتیکی بین جمعیتی نسبتاً بالایی را (2/0 GST=) نشان دادند و جریان ژنی(Nem) 96/1 بود.

واژه­های کلیدی: بلوط، تنوع ژنتیکی، مارکر مولکولی SRAP، نی، پلی­مورفیسم

فصل اول:

کلیات

1–1 مقدمه و هدف

بلوط (Quercus) از تیره راش (Fagaceae) یکی از متنوع­ترین جنس­های درختان نواحی معتدل با بیش از 500 گونه در سراسر جهان است(61). بلوط جزء گیاهان پهن برگ است و اساساً این جنس بومی نیمکره شمالی می­باشد و شامل گونه­های خزان­پذیر و همیشه­سبز می­باشد که در عرض­های جغرافیایی مختلف آسیا و آمریکا گسترده شده­است (15). از زمان داروین بلوط به عنوان یک جنس مدل برای مطالعه فرآیندهای تکاملی و گونه­زایی به کار می­رود، سازگاری بالا و مراحل مختلفی از جریان ژنی بین گونه­ای به طور معنی­داری در پیدایش صدها گونه و زیرگونه و اکوتیپ­های متعدد مشارکت داشته­است(21). از یک طرف این انعطاف­پذیری فنوتیپی و تنوع ژنی باعث موفقیت این جنس در گونه­زایی شده­است و از طرف دیگر این خاصیت مشکلاتی را در تخمین تنوع ژنتیکی بین گونه­ها و ساختار ژنتیکی جمعیت­ها و ارتباط تاکسونومیکی بین گونه­ها ایجاد کرده­است که باید به طریقی این مشکل رفع شود(30). یکی از علل عمده این تنوع ژنتیکی در بلوط فراوانی تبادل ژنی و دخول بین گونه­های جنس بلوط هیبریداسیون می­باشد(24).

در حال حاضر با فشار ناشی از تخریب و بهره­برداری از جنگل­ها توسط انسان، تغییرات اقلیم و پدیده گرم شدن کره زمین پیش­بینی می­شود، طی 50 تا 100 سال آینده جمعیت بسیاری از گونه­های گیاهی در رویشگاه­های کنونی ضعیف و ضعیف­تر شده (3) و آینده جنگل­های بلوط را با مخاطرات جدی مواجه سازد. همچنین وجود مشکلاتی نظیر کمبود درختان مادری، تناوب سال بذر­دهی، آفات و امراض، تولید دانه ناکافی و نامناسب، ضعف دانه­زادی و عدم نگهداری دانه­ها برای مدت طولانی (63)، روند احیاء طبیعی جنگل­ها را از طریق بذر با مشکل روبرو کرده­است. تدوین برنامه حفاظت از منابع ژنتیکی بلوط و