2-24-1-1.آزمایش مجاورت دو دیسک……………………………………………………………………………… 35

2-24-1-2.ترکیب دو دیسک…………………………………………………………………………………………… 36

2-24-1-3.آزمایش سه بعدی………………………………………………………………………………………….. 36

2-25.شیوع بیمارستانی و ارزیابی میزان کنترل……………………………………………………………………….. 36

2-26.اپیدمیولوژی جهانی اسینتوباکتر بومانی…………………………………………………………………………. 37

2-27. روش مولکولی دخیل در بررسی باکتری های مولد آنزیم های بتالاکتاماز وسیع الطیف………………… 38

2-27-1. واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR)………………………………………………………………………. 39

2-28.سوابق و پیشینه تحقیق……………………………………………………………………………………………. 41

فصل سوم – مواد و روش‏ها

3-1-وسایل موردنیاز…………………………………………………………………………………………………….. 37

3-2-مواد موردنیاز……………………………………………………………………………………………………….. 38

3-3-طریقه ساخت محیط های کشت………………………………………………………………………………….. 40

3-3-1.طرز تهیه محیط بلاد آگار(محیط پایه شرکت Merck )………………………………………………….. 40

3-3-2. طرز تهیه محیط نوترینت آگار (شرکت Merck)…………………………………………………………. 40

3-3-3. طرز تهیه محیط SIM(شرکت Merck )………………………………………………………………….. 41

3-3-4. طرز تهیه محیط مک کانکی آگار(شرکت Merck )……………………………………………………… 41

3-3-5. طرز تهیه محیط اوره براث(شرکت Merck )……………………………………………………………… 42

3-3-6. طرز تهیه محیط مولر هینتون آگار(شرکت Merck ):…………………………………………………………. 42

3-3-7. طرز تهیه محیط MRVP(شرکت Merck )………………………………………………………………….. 52

3-3-8. طرز تهیه محیط BHI براث(شرکت Merck)……………………………………………………………. 52

3-3-9. طرز تهیه محیط TSI(شرکت Merck ):………………………………………………………………….. 53

3-3-10. طرز تهیه محیط سیمون سیترات (شرکت Merck )……………………………………………………. 54

3-3-11. طرز تهیه محیط OF(شرکت Merck ):…………………………………………………………………………………….. 54

3-4. روش انجام این پژوهش…………………………………………………………………………………………… 55

3-4-1.جمع آوری نمونه………………………………………………………………………………………………… 55

3-4-2.جداسازی باکتری ها…………………………………………………………………………………………….. 55

3-4-3. نگه داری باکتری ها در 80- درجه سلسیوس………………………………………………………………. 57

3-5.آنتی بیوگرام………………………………………………………………………………………………………….. 57

3-5-1-تهیه سوسپانسیون باکتریایی…………………………………………………………………………………………. 57

این مطلب را هم بخوانید :

3-5-2-روش آنتی بیوگرام……………………………………………………………………………………………… 58

3-6.استخراج ژنوم به روش جوشاندن…………………………………………………………………………………. 59

3-7. اندازه گیری غلظت DNA ژنومیک تخلیص شده……………………………………………………………… 59

3-8. الکتروفورز محصول استخراج ژنوم………………………………………………………………………………. 59

3-9.مواد و وسایل مورد نیاز برای اجرای PCR……………………………………………………………………… 59

3-9-1.DNA الگو………………………………………………………………………………………………………. 59

3-9-2.Master Mix…………………………………………………………………………………………………. 60

3-9-3.پرایمر……………………………………………………………………………………………………………… 60

3-9-4.محلول کار پرایمر PCR……………………………………………………………………………………….. 61

3-10.روش اجرا PCR………………………………………………………………………………………………….. 61

3-11.مواد و وسایل مورد نیاز برای اجرای الکتروفورز………………………………………………………………. 63

3-11-1.بافرTBE 5X………………………………………………………………………………………………….. 63

3-11-2.بافر TBE 1X…………………………………………………………………………………………………. 63

3-11-3.ژل آگارز 5/1 درصد…………………………………………………………………………………………. 63

3-12.روش انجام الکتروفورز…………………………………………………………………………………………… 64

3-13.تعیین توالی…………………………………………………………………………………………………………. 64

فصل چهارم – نتایج و بحث

4-1.جداسازی، کشت، تشخیص نمونه های باکتری………………………………………………………………….. 65

4-1-1. درصدو تعداد گونه های مختلف موجود در نمونه های جدا شده از بیماران…………………………….. 65

4-1-2. نتایج تست های افتراقی برای گونه های اسینتوباکتر بومانی……………………………………………….. 67

4-1-3. تعیین حساسیت آنتی بیوتیکی به روش دیسک دیفیوژن…………………………………………………… 67

4-1-3-1.نتایج حاصل از روش دیسک دیفیوژن برای تمام ایزوله های اسینتوباکتر بومانی…………………….. 67

4-1-3-2. تهیه الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی………………………………………………………………………… 69

4-2.استخراج DNA……………………………………………………………………………………………………… 72

4-3.نتایج بدست آمده در بررسی ژن کد کننده آنزیمblaVIM…………………………………………………… 73

4-4.نتایج بدست آمده در بررسی ژن کدکننده آنزیم blaNDM………………………………………………….. 74

4-5:.بحث………………………………………………………………………………………………………………….. 76

فصل پنجم – نتیجه‏گیری

5-1- نتیجه‏گیری………………………………………………………………………………………………………….. 80

5-2-پیشنهادات…………………………………………………………………………………………………………… 82

منابع…………………………………………………………………………………………………………………………. 83

چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………………. 94

فهرست جدول‏ها

عنوان                                                                                                                        صفحه

جدول2-1:طبقه بندی بتالاکتامازها در باکتری های گرم منفی………………………………………………………………………….. 23

جدول شماره 3-1: ترکیبات پایه ی محیط بلاد آگار………………………………………………………………………………………… 49

جدول شماره 3-2: ترکیبات محیط نوترینت آگار…………………………………………………………………………………………….. 49

جدول شماره 3-3: ترکیبات محیط SIM……………………………………………………………………………… 50

جدول شماره 3-4: ترکیبات محیط مک کانکی آگار…………………………………………………………………. 50

جدول شماره 3-5: ترکیبات محیط اوره براث………………………………………………………………………… 51

جدول شماره 3-6: ترکیبات محیط مولر هینتون آگار………………………………………………………………… 51

جدول شماره 3-7: ترکیبات محیط MRVP………………………………………………………………………….. 52

جدول شماره 3-8: ترکیبات محیط BHI براث……………………………………………………………………….. 52

جدول جدول شماره 3-9: ترکیبات محیط TSI……………………………………………………………………….. 53

جدول جدول شماره 3-10: ترکیبات محیط سیمون سیترات……………………………………………………….. 54

جدول شماره 3-11: ترکیبات محیط OF……………………………………………………………………………… 55

جدول شماره 3-12:خلاصه نتایج حاصل از محیطOF………………………………………………………………. 56

جدول شماره3-13:توالی پرایمرهای مورد استفاده در این مطالعه………………………………………………….. 60

جدول شماره 3-14: محلول کاری پرایمر…………………………………………………………………………….. 61

جدول شماره3-15: ترکیب واکنش PCR برای هر نمونه…………………………………………………………….. 62

جدول شماره3-16: برنامه انجام واکنش PCR برای ژن VIM……………………………………………………… 62

جدول شماره 3-17 برنامه انجام واکنش PCR برای ژن NDM……………………………………………………. 62

جدول شماره3-18: طرز تهیه بافر TBE 5X…………………………………………………………………………… 63

جدول شماره 4-1 : فراوانی اسینتوباکتر بومانی در نمونه کلینیکی مورد بررسی………………………………….. 66

جدول شماره 4-2: خصوصیات بیو شیمیایی اسینتوباکتر بومانی……………………………………………………. 67

جدول شماره 4-3: نتایج حساسیت اسینتوباکتر بومانی به دیسک های آنتی بیوتیکی در نمونه های کلینیکی مورد بررسی       68

جدول شماره 4-4 : الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی در اسینتوباکتر بومانی………………………………………….. 70

فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                                        صفحه

نمودار شماره 4-1: فراوانی سویه های اسینتوباکتر در نمونه های کلینیکی مورد بررسی………………………… 66

نمودار شماره 4-2 : درصد مقاومت مشاهده شده در بین ایزوله های جدا شده از بیماران………………………. 69