فصل اول

1- 1 مقدمه. 2

1-2 انرژی آزاد هلمهولتز. 2

1-3 معادله‌های اساسی ترمودینامیک. 4

1- 4 فشار معادله حالت. 5

1-5 دیدگاه ماکروسکوپیک. 6

1-6 دیدگاه میکروسکوپیکی. 8

1-7 مقایسه دیدگاه‌های ماکروسکوپیکی و میکروسکوپیکی. 10

فصل دوم

2-1 مدول الاستیک. 13

2-2 مدول یانگ. 13

2-3 مدول برشی. 14

4-2 مدول حجمی………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………….. 14

2-5 کاربرد مدول یانگ. 14

2-6 مواد خطی و غیر خطی. 14

2-7 مواد جهت دار. 15

2-8 تعریف سختی. 15

2-9 ارتباط سختی با الاستیسیتی. 15

2-10 موارد استفاده مدول در مهندسی. 16

2-11 نظریه انیشتین در مورد گرمای ویژه بلورها. 16

 

2-12 نظریه دبای در مورد ظرفیت گرمایی بلورها. 20

2-13 تابع توزیع. 24

2-14 تقریب میدان میانگین. 28

فصل سوم

3-1 پارامترگرون آیزن. 32

3-2 تئوری…………………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………. 34

3-3 روش کار…………………………………………………………………………………………….. 37

فصل چهارم

4-1 بحث ونتایج. 39

4-2 نتیجه گیری. 46

منابع………………………………………………………………………………………………………….. ……………………………………………………………………………………. 48

شکل ‏2‑1 شکل ظرفیت گرمایی نقره 17

شکل ‏2‑2 مقایسه ظرفیت گرمایی تجربی الماس با مقدار پیش‌بینی شده انیشتین 19

شکل ‏2‑3  تابع توزیع شعاعی برای پتانسیل لنارد جونز 26

شکل ‏3-1  نمای کلی از محاسبات عددی انجام شده جهت محاسبه مدول حجمی 37

شکل ‏4‑1 منحنی مدول بالک برحسب چگالی 40

شکل ‏4‑2  منحنی چگالی وابسته به پارامتر گرون آیزن 41

شکل ‏4‑3  منحنی دمای دبای برحسب چگالی 43

جدول‏ 1-4ارتباط بین خروجی ما و نتایج اندرسون 44

جدول‏ 4-2 تصحیح کوانتومی مدول حجمی 45

 

 

 

 

 

 

این مطلب را هم بخوانید :

 

 

              فصل اول

 

 

 

 

 

 

 

1-1   مقدمه

در عصر حاضر پی بردن به خواص ترمودینامیکی مواد یکی از مهم‌ترین دغدغه‌های دانشمندان به‌خصوص فیزیکدانان و شیمیدانان است و این مهم از ابتدای تحقیقات علمی تاکنون وجود داشته است.

بعلاوه ما همیشه به دنبال روش‌های آسان برای پی بردن به این خواص هستیم چراکه روش‌های آزمایشگاهی بسیار زمان‌بر و پرهزینه هستند.در این پایان‌نامه سعی شده است که با استفاده از ابزار مکانیک آماری به روشی آسان برای محاسبه و تخمین مدول بالک جامدات دست‌یابیم. در آخر نتایج خود را با داده‌های آزمایشگاهی مقایسه می‌کنیم. انشاا… که مطالب این پایان‌نامه مفید و مورداستفاده قرار گیرد.                                                                                                        

1-2 انرژی آزاد هلمهولتز[1]

از انرژی آزاد هلمهولتز F میتوان برای به دست آوردن فشار P یک جامد استفاده کرد. برای تعداد زیادی از جامدات در سرامیک‌ها و ژئوفیزیک ،F دارای سه بخش است:

(1-1)

که  پتانسیل یک شبکه ایستا در صفر مطلق است،  انرژی ارتعاشی به دلیل حرکت اتم‌ها به‌طوری‌که هر یک مجبور به ارتعاش اطراف نقطه شبکه‌اند و  پتانسیل ناشی از الکترون‌ها است. در بعضی جامدات، پتانسیل‌های دیگری از قبیل مغناطیس کنندگی و اثرات اپتیکی سهیم‌اند ولی در این کار این پتانسیل‌ها مهم نیستند  زیرا تا حد زیادی به نارساناها وابسته‌اند.

تعداد زیادی از مواد معدنی عایق‌اند، در چنین مواردی  را می‌توان نادیده گرفت اما در مورد آهن نباید نادیده گرفته شود. در اینجا سه تابع ترمودینامیکی وجود دارد که به‌وسیله آن P و V به دیگر متغیرهای ترمودینامیکی ربط داده می‌شود.

انرژی آزاد هلمهولتز

(2-1)

انرژی گیبس[2]

(3-1)

آنتالپی[3]

(4-1)

که  آنتروپی[4]،  انرژی داخلی،  آنتالپی است. گاهی اوقات  و  انرژی‌های آزاد نامیده می‌شوند. در سیستم‌های ترمودینامیکی که حجم و دما متغیرهای مستقل‌اند رابطه (2-1) مناسب است، درنتیجه انرژی آزاد هلمهولتز برای بسیاری از مشتقات به‌کارگیری خواهد شد.از طرفی دستگاه بیشتر از مقدار کاری که در فرآیند همدما انجام می‌دهد انرژی آزاد هلمهولتز از دست می‌دهد. به نحو مشابه تغییر انرژی آزاد گیبس دستگاه به مراتب بیشتر از کار غیر فشار حجمی است که در دما و فشار ثابت انجام می‌شود. معادله حالت فشار برحسب متغیرهای  و  به شکل روبرو تعریف می‌شود:  (5-1)        معادله حالت از  به دست خواهد آمد. به‌ویژه در معادله  (5-1)  همچون معادله حالت ،سهم دگرشکلی را برای  را در نظر نمی‌گیریم، به این دلیل که نادیده گرفتن سهم دگرشکلی قابل توجیه است زیرا فشار در قیاس با تنش برشی بزرگ‌تر است.

1-3 معادله‌های اساسی ترمودینامیک

برحسب ، معادله‌های اساسی ترمودینامیک به‌صورت زیر هستند:

(6-1)

(7-1)

(8-1)

(9-1)

(10-1)

(11-1)

که  ظرفیت گرمایی ویژه در حجم ثابت است ،    مدول حجمی ،  ضریب انبساط حجمی است. فشار به‌صورت زیر داده می‌شود:

(12-1)

همچنین  را برحسب(10-1) و (11-1) به‌صورت زیر است:

(13-1)

4-1 فشار معادله حالت

برای یک نارسانا از   و  که  انرژی گرمایی و  انرژی ارتعاشی دمای صفر است. که یک‌ترم کوچک ناشی از مکانیک کوانتومی است که بیان مناسب‌تر برای  که در آن اثرات  و اثرات گرمایی به‌صورت واضح جداشده‌اند به‌صورت زیر است:

2-3-2-کنجاله کانولا……………………………………………………………………………….. 15

2-4- مكمل های موادمعدنی و ویتامین ها…………………………………………………….. 16

2-4-1- كلسیم و فسفر……………………………………………………………………………. 168

2-4-2- منیزیم………………………………………………………………………………………. 20

2-4-3- سدیم ، پتاسیم و كلر……………………………………………………………………. 21

2-4-4- مس…………………………………………………………………………………………. 21

2-4-5-منگنز………………………………………………………………………………………… 22

2-4-6- آهن………………………………………………………………………………………… 23

2-4-7-روی…………………………………………………………………………………………. 24

2-4-8-مولیبدن……………………………………………………………………………………… 25

2-4-9-سلنیوم………………………………………………………………………………………. 25

2-4-10-ید………………………………………………………………………………………….. 26

2-4-11-کروم………………………………………………………………………………………. 27

2-5-ویتامین های مورد نیاز………………………………………………………………………. 27

2-5-1- ویتامینA………………………………………………………………………………….. 28

2-5-2- ویتامینD3………………………………………………………………………………… 29

2-5-3- ویتامینE…………………………………………………………………………………… 30

2-5-4-ویتامینK……………………………………………………………………………………. 31

2-5-5ویتامین B……………………………………………………………………………………. 32

2-5-6- نیاسین……………………………………………………………………………………… 33

2-5-7-ویتامینB6………………………………………………………………………………….. 34

2-5-8-بیوتین……………………………………………………………………………………….. 35

2-5-9- فولاسین……………………………………………………………………………………. 36

2-5-10 -کولین…………………………………………………………………………………….. 37

2-5-11-ویتامینC………………………………………………………………………………….. 38

2-6-اسیدهای چرب ضروری……………………………………………………………………. 39

2-8-اسید های آمینه………………………………………………………………………………… 40

2-8-1- لیزینن………………………………………………………………………………………. 43

 

2-8-2-متیونین………………………………………………………………………………………. 43

2-8-3- تریپتوفان…………………………………………………………………………………… 44

2-8-4-آرژنین………………………………………………………………………………………. 44

2-8-5- ترئونین…………………………………………………………………………………….. 45

2-8-6-والین………………………………………………………………………………………… 46

فصل سوم : مواد و روش ها

3-1- موقعیت سالن پرورش ……………………………………………………………………. 49

3-2- روش انجام آزمایش………………………………………………………………………… 49

3-3- مدل آماری……………………………………………………………………………………. 50

3-4- جیره های غذایی……………………………………………………………………………. 51

3-5 – روش های اندازه گیری صفحات مختلف تولیدی…………………………………… 51

3-5-1- غذای مصرفی…………………………………………………………………………….. 51

3-5-2- افزایش وزن بدن………………………………………………………………………… 52

3-5-3- ضریب تبدیل غذایی……………………………………………………………………. 52

3-5- 4- هزینه غذا جهت 1 كیلوگرم افزایش وزن………………………………………….. 52

فصل چهارم : نتایج

4-1-1- عملكرد خوراك مصرفی……………………………………………………………….. 56

4-1-2- عملكرد افزایش وزن روزانه…………………………………………………………… 57

4-1-3- عملكرد ضریب تبدیل غذایی در دوره های مختلف و كل پرورش………….. 58

4-2- بررسی هزینه غذا جهت یک كیلوگرم افزایش وزن بدن در كل دوره …………… 59

فصل پنجم : بحث و نتیجه گیری

5-1-بحث……………………………………………………………………………………………. 62

5-2-1-میانگین خوراک مصرفی روزانه……………………………………………………….. 62

5-2-2-میانگین افزایش وزن روزانه……………………………………………………………. 63

5-2-3- ضریب تبدیل غذایی……………………………………………………………………. 64

5-3-بررسی هزینه غذا جهت یک کیلو گرم افزایش وزن بدن در کل دوره……………. 65

نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………… 66

پیشنهادات…………………………………………………………………………………………….. 66

این مطلب را هم بخوانید :

منابع……………………………………………………………………………………………………. 67

فهرست جداول

جدول 1-1-جمعیت مناطق مختلف جهان در بازه زمانی…………………………………… 4

جدول 1-2-تولیدات بخش دامداری و مرغداری…………………………………………….. 5

جدول 2-1-تنوع ترکیب شیمیایی 59 نمونه ذرت…………………………………………… 11

جدول 2-2- انرژی قابل متابولیسم، میزان پروتئین  کنجاله سویا…………………………. 15

جدول 2-3-نیازهای کلسیمی و فسقری جوجه های گوشتی……………………………… 19

جدول 2-4-منابع حاوی کلسیم و فسفر جوجه های گوشتی …………………………….. 20

جدول 3-1- دمای سالن در هفته ها……………………………………………………………. 49

جدول 3-2- زمان و نوع و روش واکسیناسیون………………………………………………. 50

جدول 3-3- جیره استفاده شده با انواع مکمل دو قلو………………………………………. 53

جدول 3-4- آنالیز مکمل های دو قلو………………………………………………………….. 54

جدول4-1- مقایسه میانگین های خوراک  (بر حسب گرم)……………………………….. 56

جدول4-2- مقایسه میانگین های افزایش وزن در هفته ها  (بر حسب گرم)………….. 57

جدول 4-3- مقایسه میانگین های ضریب تبدیل غذایی  پرورش ( بر حسب گرم)…. 59

جدول 4-4- بررسی هزینه غذا جهت یک کیلو گرم (برحسب ریال)…………………… 60

 

چکیده

این آزمایش به منظور بررسی تاثیر مصرف مكمل 5/0 درصد مرغ گوشتی بر عملكرد جوجه های گوشتی تغذیه شده با جیره های برپایه ذرت و سویا  در مراحل رشد، پایانی و کل دوره پرورش بر روی بستر انجام گرفت. تعداد 240 قطعه جوجه گوشتی نر راس ( 308 ) در قالب طرح كاملاً تصادفی به  16 گروه 15 قطعه ای با جهار تیمار و چهار تكرار تقسیم شدند.تیمارها با یک جیره یکسان بر اساس توصیه  NRC( 1994) و انرژی و پروتئین یكسان تغذیه شدند. چهار تیمار به ترتیب حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی سواد کوه، مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی اوای کاسپین شمال، مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی داروسازان و مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آمینه گستر بود. آب و خوراك در مدت انجام آزمایش به طور آزاد در اختیار جوجه ها قرار گرفت. صفات مورد مطالعه شامل خوراک مصرفی، افزایش وزن، ضریب تبدیل غذایی و صفات لاشه برای دوره های آغازین، رشد، پایانی و کل دوره بود. تجزیه تحلیل آماری صفات مورد بررسی نشان داد که  خوراک مصرفی، افزایش وزن و ضریب تبدیل غذایی در کل دوره معنی دار بود (p<0/05  ). بطوری که جیره حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آمینه گستر کم ترین، و سایر تیمارها بدون داشتن تفاوت معنی دار بیشترین مصرف خوراک و افزایش وزن را نشان دادند. در کل دوره جیره های حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آوای کاسپین پایین ترین ضریب تبدیل غذایی را داشت. هم چنین کم ترین هزینه جهت یک کیلوگرم افزایش وزن در کل دوره، مربوط جیره حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آوای کاسپین با 26664 ریال، و سایر تیمارها به ترتیب جیره حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آمینه گستر با 28093 ریال، جیره حاوی مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی داروسازان با 28085 ریال، و مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی سواد کوه با 27914 ریال، بیشترین هزینه را داشتند. بنابراین می توان گفت که استفاده از مکمل 5/0 درصد مرغ گوشتی آمینه گستر از نظر اقتصادی مقرون به صرفه می باشد.

1-1 مقدمه:                                                                                                   

تأمین غذای موردنیاز هر جامعه‌ای از مهم‌ترین پیش‌نیازها جهت نیل به توسعه بیشتر است. در سال 2010، جمعیت جهان به حدود 7 میلیارد نفر رسید که در میان مناطق مختلف، قاره آسیا بیشترین سهم را در

1-2 کشف رادیو اکتیویته……………………………… 2

1-2-1 رادیواکتیویته…………………………………. 2

1-2-2واحد های اکتیویته……………………………… 3

1-2-3واپاشی……………………………………….. 4

1-2-4برهمکنش تابش با ماده…………………………… 4

1-2-5خواص نوترونهای آزاد……………………………. 5

1-2-5-1تقسیم بندی نوترونها از لحاظ انرژی……………… 6

1-2-5-2 برهمکنش نوترون با ماده………………………. 6

1-2-5-3 فعالسازی نوترونی……………………………. 7

1-2-6پرتوγ  (Gamma ray)……………………………… 7

1-2-6-1برهمکنش گاما با ماده…………………………. 8

1-2-6-1-1 اثر فوتوالكتریك…………………………… 9

1-2-6-1-2 اثركامپتون……………………………….. 10

1-2-6-1-3 تولید جفت یون…………………………….. 11

1-2-6-2 تابش دهی گاما و تولید ساختارهای شیمیایی جدید…… 12

1-3 پیشرانه ها:……………………………………. 13

1-3-1 کلیات……………………………………….. 13

1-3-2 خصوصیات پیشرانه جامد………………………….. 15

1-4 تعریف واکنش های حالت جامد……………………….. 18

1-4-1 سینتیک واکنش های حالت جامد…………………….. 18

1-4-2 قوانین سرعت در سینتیک حالت جامد………………… 19

1-4-2-1مدلها و مکانیسم ها در سینتیک حالت جامد…………. 22

1-4-2-1-1 طبقه بندی مدلها…………………………… 22

1-4-2-1-2طبقه بندی و استخراج مدلها بر اساس مفروضات مکانیسمی 24

1-5 روشهای بررسی سینتیک حالت جامد……………………. 25

1-5-1روشهای تجربی………………………………….. 25

1-5-1-1 روشهای همدما……………………………….. 26

1-5-1-2روشهای غیرهمدما……………………………… 26

 

1-5-2روشهای محاسباتی……………………………….. 28

1-5-2-1روشهای وابسته به مدل…………………………. 28

1-5-2-2روشهای مستقل از مدل………………………….. 30

1- 6 تغییر انرژی فعالسازی با پیشرفت واکنش…………….. 32

1-6-1 تغییرات حقیقی انرژی فعالسازی…………………… 32

1-6-1-1 واکنش های بنیادی……………………………. 32

1-6-1-2 واکنش های پیچیده……………………………. 32

1-6-2 تغییرات تصنعی در انرژی فعالسازی………………… 33

1-7 پیش بینی طول عمر……………………………….. 33

1- 8 مقدمه ای بر روش های آنالیز حرارتی……………….. 34

1-8-1تاریخچه روش های آنالیز حرارتی…………………… 34

1-8-2کاربرد ها…………………………………….. 34

فصل دوم مواد و روش کار………………………………

2-1 تکنیک ها:……………………………………… 36

2-2 مواد مصرفی:……………………………………. 36

2-3 دستگاه ها:…………………………………….. 36

2-4 نرم افزارهای مورد استفاده:………………………. 36

فصل سوم: بحث و نتایج………………………………..

3-1 مطالعه حرارتی  K25:…………………………….. 38

3- 1-1نمودارهای DSC نمونه های مورد آزمایش…………….. 38

3-1-2پیشرفت واکنش………………………………….. 40

3-1-3سرعت واکنش……………………………………. 41

3-1-4سرعت واکنش برحسب پیشرفت واکنش…………………… 42

3-1-5تحلیل داده های حرارتی با روش کیسینجر…………….. 43

3-1-6تعیین پارامترهای سه گانه ی سینتیکی………………. 46

3-1-7تغییرات Ea با پیشرفت واکنش……………………… 48

3-1-8نمودارهای اثر جبرانی…………………………… 49

3-1-9محاسبه بستگی Ea  به α………………………….. 50

این مطلب را هم بخوانید :

3-1-10تعیین طول عمر پیشرانه K25……………………… 51

3-2مطالعه حرارتی K30………………………………… 52

3-2-1نمودار DSC پیشرانه K30…………………………. 52

3-2-2پیشرفت واکنش………………………………….. 53

3-2- 3 سرعت واکنش………………………………….. 54

3-2-4سرعت واکنش برحسب پیشرفت واکنش…………………… 55

3-2-5تحلیل داده های حرارتی با معادله کیسینجر………….. 56

3-2-6تعیین پارامترهای سه گانه ی سینتیکی………………. 58

3-2-7تغییرات Ea با پیشرفت واکنش……………………… 60

3-2-8نمودارهای اثر جبرانی:………………………….. 62

3-2-9محاسبه بستگی Ea  به α………………………….. 63

3-2-10 پیش بینی  طول عمر پیشرانه…………………….. 63

3-3نتیجه گیری:…………………………………….. 65

3-4پیشنهادات:……………………………………… 66

فهرست شکل ها

عنوان                                                                صفحه

شکل ‏1‑1   اثر فتوالکتریک……………………………. 10

شکل ‏1‑2 اثر کامپتون………………………………… 11

شکل ‏1‑3 تولید زوج یون………………………………. 12

شکل ‏1‑4: مکانهای انجام واکنش در فاز همگن (الف) و فاز غیرهمگن (ب)    19

شکل ‏1‑5: تبدیل پارامترهای اندازه گیری جرم در TGA(الف) و شار گرمایی در (DSC) (ب) به کسر تبدیل (ج)…………………………. 21

شکل ‏1‑6 نمودارهای α-tصعودی (الف)، نزولی(ب)،سیگموئیدی(ج) و خطی(د) در بررسی های همدما……………………………………. 23

شکل ‏1‑7 نمودارهای dα/dt صعودی (الف)،نزولی (ب)،سیگموئیدی(ج) و خطی (د) در بررسی های همدما……………………………………. 23

شکل ‏1‑8 : نمایش شماتیک منحنی های هم دما، T7<T6<T5<T4<T3<T2<T1   26

شکل ‏1‑9 نمونه ای از نمودار DSC با چندین حالت تغییر فاز…. 35

شکل ‏2‑1: نرم افزارهای استفاده شده……………………. 37

شکل ‏3‑1: نمودار DSC تخریب K25 سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) ……………………. 39

شکل ‏3‑2: نمودارDSC تخریب حرارتی سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای K25 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)………………………….. 39

شکل ‏3‑3: نمودارپیشرفت واکنش(α-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25…………………………………………………. 40

شکل ‏3‑4: نمودارپیشرفت واکنش(α-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)……… 40

شکل ‏3‑5: نمودار سرعت واکنش(dα/dt-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25…………………………………………………. 41

شکل ‏3‑6: نمودار سرعت واکنش(dα/dt-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)……… 41

شکل ‏3‑7: نمودار سرعت واکنش  بر حسب پیشرفت واکنش  (dα/dt-α)در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25…………………………………………. 42

شکل ‏3‑8: نمودار سرعت واکنش بر حسب پیشرفت واکنش (dα/dt-α) در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK25 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ) 42

شکل ‏3‑9:نمودار محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K25… 43

شکل ‏3‑10: نمودار محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K25 تحت تابش نوترون گرمایی……………………………………… 44

شکل ‏3‑11: نمودار محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K25 تحت تابش گاما…………………………………………………. 45

شکل ‏3‑12  نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K25………………………………………… 46

شکل ‏3‑13: نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K25 تحت تابش نوترون گرمایی……………………. 47

شکل ‏3‑14: نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K25 تحت تابش گاما……………………………. 47

شکل ‏3‑15: نمودار تغییرات Ea (قرمز)و LnfA (آبی) بر حسب α برای K25 با استفاده از روش فریدمن………………………………. 48

شکل ‏3‑16: نمودار تغییرات Ea (قرمز)و LnfA (آبی) بر حسب α برای K25تحت تابش نوترون گرمایی(راست) و گاما(چپ) با استفاده از روش فریدمن… 49

شکل ‏3‑17: وجود اثر جبرانی با استفاده از روش فریدمن در تخریب حرارتی K25…………………………………………………. 49

شکل ‏3‑18:وجود اثر جبرانی با استفاده از روش فریدمن در تخریب حرارتی K25تحت تابش نوترون گرمایی(راست)-گاما(چپ)……………… 50

شکل ‏3‑19: نمودارDSC تخریب حرارتی سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای K30…………….. 52

شکل ‏3‑20: نمودارDSC تخریب حرارتی سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای K30 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)………………………….. 52

شکل ‏3‑21: نمودارپیشرفت واکنش(α-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30…………………………………………………. 53

شکل ‏3‑22: نمودارپیشرفت واکنش(α-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)……… 53

شکل ‏3‑23: نمودار سرعت واکنش(dα/dt-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30…………………………………………………. 54

شکل ‏3‑24: نمودار سرعت واکنش(dα/dt-T) بر حسب دما در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ)……… 54

شکل ‏3‑25: نمودار سرعت واکنش بر حسب پیشرفت واکنش (dα/dt-α) در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30…………………………………………. 55

شکل ‏3‑26: نمودار سرعت واکنش بر حسب پیشرفت واکنش (dα/dt-α) در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی) برای تخریب حرارتیK30 تحت تابش نوترون گرمایی (راست)، تحت تابش گاما (چپ) 55

شکل ‏3‑27: نمودار برای محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K30 56

شکل ‏3‑28: نمودار برای محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K30 تحت تابش نوترون گرمایی……………………………………… 57

شکل ‏3‑29: نمودار برای محاسبه انرژی فعالسازی به روش کیسینجر K30 تحت تابش گاما……………………………………………… 58

شکل ‏3‑30: نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K30………………………………………… 59

شکل ‏3‑31: نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K30 تحت تابش نوترون گرمایی……………………. 59

شکل ‏3‑32: نمودارهای خطی روش کوتس – ردفرن با مدلهای مختلف در سرعتهای حرارت دهی 10(آبی)-15(سبز)-20(قرمز)-25(زرد)-30(مشکی)  برای تخریب حرارتی K30 تحت تابش گاما……………………………. 60

شکل ‏3‑33: نمودار تغییرات Ea (قرمز)و LnfA (آبی) بر حسب α برای K30 با استفاده از روش فریدمن………………………………. 61

شکل ‏3‑34: نمودار تغییرات Ea (قرمز)و LnfA (آبی) بر حسب α برای K30 تحت تابش نوترون گرمایی(راست) و گاما(چپ) با استفاده از روش فریدمن  61

شکل ‏3‑35: وجود اثر جبرانی با استفاده از روش فریدمن در تخریب حرارتی K30…………………………………………………. 62

شکل ‏3‑36: وجود اثر جبرانی با استفاده از روش فریدمن در تخریب حرارتی K30تحت تابش نوترون گرمایی(راست)-گاما(چپ)……………… 62

 

 

 

 

فهرست جدول ها

عنوان                                                                صفحه

جدول ‏1‑1: مدلهای مختلف سینتیک حالت جامد………………. 25

جدول ‏3‑1: نتایج محاسبات به روش کیسینجر K25…………….. 43

جدول ‏3‑2: نتایج محاسبات به روش کیسینجر K25 تحت تابش نوترون گرمایی   44

جدول ‏3‑3 : نتایج محاسبات به روش کیسینجر K25 تحت تابش گاما. 45

جدول ‏3‑4: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K25 50

جدول ‏3‑5: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K25تحت تابش نوترون گرمایی……………………………………… 50

جدول ‏3‑6: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K25 تحت تابش گاما……………………………………………… 50

جدول ‏3‑7 پارامترهای سینتیکی K25 با استفاده از روشASTM….. 51

جدول ‏3‑8 پارامترهای سینتیکی K25 تحت تابش نوترون گرمایی با استفاده از روش ASTM…………………………………………. 51

جدول ‏3‑9 پارامترهای سینتیکی K25 تحت تابش گاما با استفاده از روش ASTM…………………………………………………. 51

جدول ‏3‑10 نتایج محاسبات به روش کیسینجر K30…………….. 56

جدول ‏3‑11  نتایج محاسبات به روش کیسینجر K30 تحت تابش نوترون گرمایی   57

جدول ‏3‑12 نتایج محاسبات به روش کیسینجر K30تحت تابش گاما…. 58

جدول ‏3‑13: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K30 63

جدول ‏3‑14: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K30تحت تابش نوترون گرمایی……………………………………… 63

جدول ‏3‑15: محاسبه بستگی انرژی فعالسازی به درجه پیشرفت واکنش K30 تحت تابش گاما……………………………………………… 63

جدول ‏3‑16: پارامترهای سینتیکی K30: با استفاده از روشASTM.. 63

جدول ‏3‑17 پارامترهای سینتیکی K30 تحت تابش نوترون گرمایی با استفاده از روش ASTM…………………………………………. 64

جدول ‏3‑18 پارامترهای سینتیکی K30 تحت تابش گاما با استفاده از روش ASTM…………………………………………………. 64

 

 

چكیده

1-2-2- همه گیرشناسی و چرخه ی بیماری.. 11

1-2-3- کنترل بیماریهای ویروسی سیب زمینی.. 12

1-3- فرضیه ها 12

1-4- اهداف.. 12

فصل دوم. 13

2-1- ویژگیهای گروه پوتی ویروس‏ها 14

2-1-1- ویروس وای سیب زمینی.. 15

2-1-1-1- دامنه میزبانی و علایم ویروس وای سیب زمینی.. 16

2-1-1-2- وضعیت ویروس وای سیب زمینی در ایران. 17

2-1-1-3- ناقلین ویروس وای سیب زمینی.. 18

2-1-1-4-ساختار ژنتیکی.. 19

2-1-1-5-نژادهای ویروس وای سیب زمینی.. 19

2-1-1-5-2- نژاد N.. 20

2-1-1-5-3-نژاد C.. 21

2-1-1-6-روشهای بررسی نژادهای PVY : 21

2-1-1-7-نوترکیبی در ژنوم ویروس y سیب زمینی.. 22

2-1-1-8-مقایسه دو روش رایج شناسایی PVY.. 23

فصل سوم. 26

3-1-نمونه برداری از مزارع سیب زمینی.. 27

3-2- مواد گیاهی.. 28

3-2-1- نگهداری نمونه ها در آزمایشگاه 28

3-3-آزمون آزمون الایزای غیر مستقیم. 29

3-5- انتخاب جدایه های مثبت.. 30

3-6- مطالعات گلخانهای.. 30

3-6-1- آماده سازی گیاهان گلخانهای.. 31

3-6-2- مایه زنی گیاهان گلخانهای.. 31

3-7- روش آزمون RT-PCR.. 33

3-7-1 روش تهیه cDNA.. 33

 

3-7-3 مراحل به دام اندازی RNA ویروس… 34

3-9- انجام واکنش PCR.. 35

3-9-1- طراحی پرایمر. 35

3-9-2 روش آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) 36

3-10 روش تهیه ی ژل و انجام الکتروفورز برای بررسی نتایج آزمون PCR.. 37

3-11- مقایسه توالی نوکلئوتیدی نژادهای  PVYبا توالی مشابه در سایر جدایه های موجود در بانک ژن. 38

فصل چهارم: 42

4-1- منبع ویروس… 43

4-2- نتایج آزمون الایزای غیر مستقیم. 44

4-3 مطالعات گلخانه ای.. 46

4-5- نتایج آزمون RT-PCR.. 47

4-6- تنوع ژنتیکی.. 52

4-7- بیشترین درصد تشابه جدایه های مورد بررسی با نژادهای اصلی PVY در جهان : 52

4-7- مقایسه نتایج حاصله از آزمونهای الایزای غیرمستقیم و RT-PCR.. 54

فصل پنجم. 55

5-1- بررسی نوترکیبی در  ایزولههای ایرانی ویروس Y سیب زمینی: 58

5-2- پیشنهادات اجرایی و پژوهشی.. 59

فهرست منابع و ماخذ. 61

منابع انگلیسی: 64

فهرست جداول

جدول شماره­ی 3-1- مواد لازم در مخلوط واکنش ترانویسی معکوس (RT)……………………………………….44

جدول 3-2- توالی و موقعیت آغازگرهای مورد استفاده در این تحقیق…………………………………………………………45

جدول شماره­ی 3-3- مواد لازم در واکنش PCR…………………………………………………………………………….46

جدول شماره­ی 3-4- چرخه­­ی دمایی آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز………………………………………………47

جدول 3-5- مواد لازم و مقدار هر یک از آنها برای تهیه محلول پایه PCR………………………………………………….47

جدول3-6 جدابه­های ویروس وای سیب­زمینی که CP آنها مقایسه شده است………………………………………………49

جدول 4-1- فراوانی ویروس Y سیب زمینی در کل نمونه­ها به تفکیک منطقه نمونه برداری…………………………..55

فهرست اشکال

 

این مطلب را هم بخوانید :

شکل 2-1- الف- ساختار فیزیکی (رشته­ای خمش­پذیر) (بی­نام، 2009). ب- تصویر شماتیک از اجزاء ژنوم PVY………………………………………………………………………………………………………………………………………….26

شکل3-1- علائم ویروس Y سیب زمینی برروی سیب زمینی( الف-نکروز رگبرگ، ب-روشنی رگبرگ)……………………………………………………………………………………………………………………………………..38

شکل 3-3- مرحله کاشت گیاهان گلخانه­ای……………………………………………………………………………………43

شکل 4-1- موزاییک و زردی ایجاد شده توسط ویروس Y سیب زمینی……………………………………………..53

شکل 4-2- علائم موزائیک در اثر PVY بر روی برگ سیب زمینی…………………………………………………….53

شکل 4-3- علائم ایجاد رگبرگ روشنی ونکروتیک بوسیله ویروس Y سیب زمینی بر روی سیب زمینی..54

شکل 4-4 نتایج تست سرولوژیک نمونه های آلوده به pvy  درسطح مناطق مختلف استان…………………..55

شکل 4-5- نکروز و موزائیک برروی گیاه توتون رقم سامسون بوسیله تلقیح PVY……………………………..56

شکل 4-6- ایجاد موزائیک و بوسیله ویروس Y سیب زمینی…………………………………………………………….57

شکل 4-7- ایجاد نکروز رگبرگ بوسیله PVY ……………………………………………………………………………….57

شکل 4-8- نتایج آزمون PCR در ژل آگارز 1% با بافر TBE. سمت چپ: مارکر DNA. چاهک  آلوده به PVY. قطعه ای به اندازه 990 نوکلئوتید تکثیر شده است…………………………………………………………………..58

شکل4-9- دندروگرام (درخت­واره) حاصل از گروهبندی ایزوله­های توالی­یابی شده در این آزمایش به همراه ایزوله­ها و استرین­های ایرانی موجود در بانک ژن که به روش Parsimony Maximum-در نرم افزار MEGA5 به دست آمده است……………………………………………………………………………………………….59

شکل4-10- دندروگرام (درخت­واره) حاصل از گروهبندی ایزوله­های توالی­یابی شده در این آزمایش به همراه ایزوله­ها و استرین­های ایرانی و جهان موجود در بانک ژن که به روش Parsimony

1-4- ساختار اتمی………………………………………………………………………………………………………….14

1-5- خواص گرافن………………………………………………………………………………………………………..15

1-5-1- خواص الکترونی………………………………………………………………………………………………..15

1-5-2- ترابرد الکترونی…………………………………………………………………………………………………..17

1-5-3- خواص اپتیکی……………………………………………………………………………………………………17

1-5-4- رسانایی الکتریکی……………………………………………………………………………………………….18

1-5-5- رسانایی گرمایی………………………………………………………………………………………………….18

1-5-6- چگالی………………………………………………………………………………………………………………18

1-5-7- شفافیت نوری…………………………………………………………………………………………………….18

1-5-8- مقاومت مکانیکی………………………………………………………………………………………………..19

1-6- کاربردهای گرافن………………………………………………………………………………………………….19

1-6-1- ساخت ترانزیستورهای بسیار کوچک و بسیار سریع با استفاده از گرافن…………………..19

1-6-2- ذخیره بسیار متراکم داده ها………………………………………………………………………………..20

1-6-3- ذخیره انرژی……………………………………………………………………………………………………20

1-6-4- تجهیزات نوری ،سلول های خورشیدی و نمایشگرهای لمسی انعطاف پذیر…………….21

1-7- روشهای تولید گرافن…………………………………………………………………………………………..21

1-7-1- لایه لایه کردن میکرومکانیکی گرافیت……………………………………………………………….22

1-7-2- تولید گرافن از اکسید گرافیت………………………………………………………………………….22

1-7-3- تولید گرافن از مشتقات دیگر گرافیت………………………………………………………………24

1-7-4- تولید ورقه های گرافن به روش سنتز الکتروشیمیایی………………………………………….24

1-8- دگر شکل های کربن (آلوتروپ ها)…………………………………………………………………….26

1-8-1- الماس…………………………………………………………………………………………………………26

1-8-2- گرافیت……………………………………………………………………………………………………….26

1-8-3- فولرن………………………………………………………………………………………………………….27

1-8-3-1- فولرن باکمینستر……………………………………………………………………………………….28

1-8-3-2- نانو لوله های کربنی………………………………………………………………………………….28

1-8-4- الیاف کربن………………………………………………………………………………………………….29

 

 

 

فصل دوم: پروتئین و مولکول آب

2-1- مقدمه ……………………………………………………………………………………………………………31

2-2- ساختار پروتئین…………………………………………………………………………………………………32

2-2-1- ساختار اول………………………………………………………………………………………………….32

2-2-2- ساختار دوم………………………………………………………………………………………………….32

2-2-2-1- مارپیچ آلفا……………………………………………………………………………………………….32

2-2-2-2- صفحه های بتا…………………………………………………………………………………………33

2-2-3- ساختار سوم………………………………………………………………………………………………..33

2-2-4- ساختار چهارم……………………………………………………………………………………………..33

2-3- اسیدآمینه………………………………………………………………………………………………………..34

2-4- ساختار اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………………..35

2-5- ایزومری در اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………..36

2-5-1- ساختار و نماد تعدادی اسیدآمینه…………………………………………………………………..36

2-6- مولکول آب………………………………………………………………………………………………….46

2-6-1- مدلهای آب……………………………………………………………………………………………….46

فصل سوم: دینامیک مولکولی

3-1- مقدمه…………………………………………………………………………………………………………………51

3-2- معادلات حرکت………………………………………………………………………………………………….53

3-3- دینامیک نیوتنی………………………………………………………………………………………………….54

3-4- شرایط مرزی تناوبی…………………………………………………………………………………………..56

3-4-1- اثرات سطحی……………………………………………………………………………………………….56

3-4-2- از بین بردن اثرات سطحی……………………………………………………………………………..57

3-5- نیروهای کوتاه برد……………………………………………………………………………………………..59

3-6- محاسبه نیروهای بلند برد……………………………………………………………………………………60

3-7- سازماندهی شبیه سازی………………………………………………………………………………………60

3-7-1- شرایط حالت………………………………………………………………………………………………..60

3-8- شرایط مرزی……………………………………………………………………………………………………61

این مطلب را هم بخوانید :

3-9- سازماندهی شبیه سازی……………………………………………………………………………………..61

3-9-1- مرحله آغازین………………………………………………………………………………………………61

3-9-2- مقدمات………………………………………………………………………………………………………61

3-9-3- شرایط اولیه برای اتمها………………………………………………………………………………….62

3-10- تعادل……………………………………………………………………………………………………………62

3-11- تولید…………………………………………………………………………………………………………….64

3-12- ارزیابی قابل اطمینان بودن نتایج……………………………………………………………………….64

3-12-1- تعادل………………………………………………………………………………………………………..64

3-12-2- بررسی قوانین بقا……………………………………………………………………………………….64

3-12-3- بررسی مقادیر خواص مختلف…………………………………………………………………….65

فصل چهارم: معرفی پتانسیل ها و نرم افزارهای بکار رفته

4-1- پتانسیل ترسوف…………………………………………………………………………………………….67

4-2- پتانسیل لنارد-جونز……………………………………………………………………………………….68

4-3- میدان نیروی چارم…………………………………………………………………………………………70

4-4- ویژگیها و قابلیتهای برنامه لمپس…………………………………………………………………….71

4-5- نرم افزار پکمول……………………………………………………………………………………………72

فصل پنجم: شبیه سازی و نتایج

5-1- مقدمه………………………………………………………………………………………………………….75

5-2- شروع شبیه سازی…………………………………………………………………………………………75

5-3- نتایج شبیه سازی…………………………………………………………………………………………..78

5-3-1- نوسانات دما بر حسب زمان شبیه سازی………………………………………………………79

5-3-2- نوسانات فشار حول مقدار متوسط یک اتمسفر…………………………………………….81

5-3-3- نوسانات چگالی سیستم در طول زمان شبیه سازی………………………………………..82

5-3-4- تغییرات شعاع ژیراسیون پروتئین………………………………………………………………..83

5-3-5- بررسی انرژی واندروالسی……………………………………………………………………………..86

5-3-6- فاصله پروتئین و گرافن بر حسب زمان…………………………………………………………..88

5-3-7- تغییرات فاصله اسیدآمینه ها و گرافن بر حسب زمان………………………………………..89

5-3-8- بررسی حرکت پروتئین بر روی سطح گرافن…………………………………………………..91

5-4- نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………….92

فهرست منابع…………………………………………………………………………………………………………..94

چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………….97

 

 

 

 

 

 

فهرست شکل ها

عنوان                                                                                                     صفحه

شکل (1-1): ساختار شبکه شش ضلعی گرافن………………………………………………………………..8

شکل(1-2): ترکیبات بین لایه ای گرافیت……………………………………………………………………….10

شکل(1-3-الف): سوسپانسیون ساخته شده به وسیله برودی………………………………………………12

شکل (1-3-ب): تصویری از تکه ی خیلی نازک از گرافیت اکسید کاهش یافته در سال 1962..12

شکل(1-4-الف): نانو مداد………………………………………………………………………………………………14

شکل(1-4-ب): تصویر میکروسکوپ الکترونی روبشی از گرافن ضخیم……………………………….14

شکل (1-5-الف): یک کلوخه از گرافیت………………………………………………………………………….14

شکل(1-5-ب): چسب…………………………………………………………………………………………………..14

شکل (1-6): انرژی الکترون ها با عدد موج kدر گرافن،محاسبه شده به وسیله

تقریب تنگ بست………………………………………………………………………………………………………..15

شکل( 1-7): ساختار نواری انرژی گرافن در جهت گیری زیک زاکی………………………………….16

شکل (1-8): ساختار نواری انرژی گرافن در جهت گیری صندلی دسته دار………………………….16

شکل (1-9): اولین تصویر میکروسکوپی منتشر شده از گرافن……………………………………………19

شکل(1-10): طول پیوند کربن-کربن در گرافن……………………………………………………………….19

شکل(1-11): شمای کلی از فرآیندHummers  ………………………………………………………………22

شکل( 1-12): امواج ماورای صوت……………………………………………………………………………… 23

شکل(1-13): نمایی کلی از مراحل تولید گرافن از گرافیت………………………………………………..23

شکل(1-14): تصویر میکروسکوپی الکترونی روبشی از صفحات انباشته شده و کاهش یافته

اکسیدگرافیت…………………………………………………………………………………………………………….26

شکل(1-15): سلول الکتروشیمیایی…………………………………………………………………………………25

شکل( 1-16): نمونه ای از الگوی آزمایشگاهی سلول الکتروشیمیایی برای تولید گرافن………..25

شکل(1-17): ساختار مکعبی الماس……………………………………………………………………………….26

شکل (1-18): کانی گرافیت………………………………………………………………………………………….27

شکل(1-19): توپ باکی ،فولرن…………………………………………………………………………………….28

شکل(1-20): تصویر سه بعدی از یک لوله کربنی…………………………………………………………….29

شکل(1-21): پارچه ساخته شده از الیاف کربن………………………………………………………………..29

شکل(2-1): نمایشی سه بعدی از ساختار میوگلوبین…………………………………………………….31

شکل(2-2): ساختار دوم قسمتی از یک پروتئین……………………………………………………………33

شکل(2-3): ساختارعمومی آلفا آمینواسید با گروه آمینو در چپ و گروه کربوکسیل در راست………………………………………………………………………………………………………………………..35

شکل(2-4): آلانین……………………………………………………………………………………………………….36

شکل(2-5): آرژنین………………………………………………………………………………………………………37

شکل(2-6): آسپاراژین…………………………………………………………………………………………………37

شکل(2-7): اسید آسپارتیک…………………………………………………………………………………………38

شکل(2-8): سیستئین……………………………………………………………………………………………………..38

شکل(2-9): اسیدگلوتامیک……………………………………………………………………………………………..39

شکل(2-10): گلوتامین…………………………………………………………………………………………………..39

شکل(2-11): گلیسین……………………………………………………………………………………………………..39

شکل(2-12): هیستیدین………………………………………………………………………………………………….40

شکل(2-13): ایزولوسین…………………………………………………………………………………………………41

شکل(2-14): لوسین………………………………………………………………………………………………………41

شکل(2-15): لیزین………………………………………………………………………………………………………..41

شکل(2-16): متیونین……………………………………………………………………………………………………..42

شکل(2-17): فنیل آلانین………………………………………………………………………………………………..42

شکل(2-18): پرولین………………………………………………………………………………………………………42

شکل(2-19): ترئونین……………………………………………………………………………………………………..43

شکل(2-20): تریپتوفان……………………………………………………………………………………………………44

شکل(2-21): تیروزین……………………………………………………………………………………………………..44

شکل(2-22): والین…………………………………………………………………………………………………………45

شکل(2-23): سلنوسیستئین……………………………………………………………………………………………..45

شکل(2-24): پیرولیزین…………………………………………………………………………………………………..45

شکل(2-25): مولکول آب………………………………………………………………………………………………46

شکل(2-26): مدلهای آب……………………………………………………………………………………………….48

شکل(2-27): مدل  SPCانعطاف پذیر……………………………………………………………………………….49

شکل(3-1): شرایط مرزی تناوبی………………………………………………………………………………………58

شکل(3-2): تقریب قطع کروی برای محاسبه ی نیروهای کوتاه برد در دو بعد……………………….59

شکل(3-3): محاسبه ی نیرو های بلند برد…………………………………………………………………………60

شکل(4-1): پتانسیل لنارد-جونز………………………………………………………………………………………70

شکل(5-1): سیستم شامل: آب، پروتئین و گرافن…………………………………………………………………76

شکل(5-2): اتم کربن حلقه فنیل……………………………………………………………………………………..77

شکل(5-3): حالت اولیه سیستم شبیه سازی بعد از تعادل گرمایی t=0………………………………….79

شکل(5-4): حالت نهایی سیستم شبیه سازی در t=2ns………………………………………………………79

 

 

 

 

فهرست جدول ها

عنوان                                                                                                      صفحه

جدول(2-1): پارامترهای مرتبط با مدلهای سه نقطه ای آب…………………………………………………48

جدول( 4-1): ضرایب پتانسیل ترسوف برای اتم کربن……………………………………………………….68

 

 

 

 

 

 

 

 

فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                                                                        صفحه

نمودار(5-1): دما بر حسب زمان در محیط آبی…………………………………………………………………..80

نمودار(5-2): دما بر حسب زمان در محیط بدون آب…………………………………………………………..81

نمودار(5-3): فشار بر حسب زمان در محیط آبی…………………………………………………………………82

نمودار(5-4): چگالی بر حسب زمان در محیط آبی………………………………………………………………83

نمودار(5-5): تغییرات شعاع ژیراسیون بر حسب زمان در محیط آبی………………………………………85

نمودار(5-6): تغییرات شعاع زیراسیون در محیط بدون آب…………………………………………………….86

نمودار(5-7): کاهش ارتفاع بر حسب کاهش انرژی برهمکنشی واندروالسی…………………………….87

نمودار(5-8): تغییرات انرژی برهمکنشی واندروالسی بر حسب زمان……………………………………..88

نمودار(5-9): تغییرات فاصله پروتئین بر حسب زمان…………………………………………………………..89

نمودار(5-10): فاصله اسیدآمینه ها از سطح گرافن بر حسب زمان…………………………………………90

نمودار(5-11): مسیر حرکت پروتئین در فضای بالای گرافن در حضور آب……………………………91

نمودار(5-12): نمودار مربوط به این بررسی در محیط بدون آب می باشد……………………………..92

 

 

 

 

 

چکیده فارسی

در این پژوهش حرکت پروتئین در حضور گرافن به روش دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. سیستم شامل یک پروتئین و یک گرافن است که درون جعبه ای قرار گرفته اند. پتانسیل های مناسبی برای بر همکنش های بین مولکولی، از جمله پتانسیل ترسوف و میدان نیروی چارم استفاده شده است. در این تحقیق نشان داده شده است که پروتئین می تواند در روی سطح گرافن مقید شود. در این پایان نامه به بررسی انرژی بر هم کنشی واندروالسی بین پروتئین و گرافن پرداختیم و نشان دادیم که انرژی واندروالسی با کاهش فاصله پروتئین از گرافن کاهش می یابد که این می تواند دلیلی بر مقید شدن پروتئین به گرافن باشد. شعاع ژیراسیون پروتئین، آبدوستی و آبگریزی اسیدهای آمینه پروتئین، مساحتی که پروتئین بیشترین زمان را روی سطح گرافن می گذارد، از کمیت های دیگری است که به آنها پرداخته شده است. یافته هایی که به دست می آیند در حوزه پزشکی و زیست مولکولی می تواند مورد استفاده قرار گیرد.