رساله دکتری

رشته زیست­ شناسی- گرایش ژنتیک­ ملکولی

 

طراحی نرم­ افزاری پپتید اختصاصی متصل­ شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش­ سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات­ سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

 

استادان راهنما

دکتر باقر یخچالی

دکتر مهدی صادقی

 

استاد مشاور

دکتر علی­ اصغر کارخانه

 

بهمن 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 فهرست مطالب




صفحه عنوان
  فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
2 1-1 زیست فناوری
3 2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیست­فناوری
3 1-2-1 پایگاه­داده
4 1-1-2-1 جایگاه Expasy
4 2-1-2-1 پایگاه­داده Swiss-Prot
7 3-1-2-1- پایگاه­دادهProsite  یا پایگاه­داده موتیف­ها
9 3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیش­گویی ساختار پروتئین
9 1-3-1 پیش­گویی ساختار دوم پروتئین­ها
10 2-3-1 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها
11 4-1 نمایش ساختار پروتئین
11 5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئین­ها
12 6-1 فلزات سنگین و اثرات زیست­محیطی آنها
14 7-1 منابع تولید کننده آلودگی­های فلزات سنگین
16 8-1 کادمیوم
16 9-1 حذف فلزات سنگین از محیط­زیست
17 1-9-1 روش­های فیزیکوشیمیائی
17 1-1-9-1 روش اسمز معکوس
17 2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی
17 3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون
18 4-1-9-1 تبادل یونی
18 5-1-9-1 رسوب­دهی شیمیایی
18 2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی
18 1-2-9-1 پاکسازی گیاهی
18 2-2-9-1 جذب زیستی
19 1-2-2-9-1 سازکار­های جذب زیستی
19 1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
20 1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی
20    2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
20 3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی
20 2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی
20 1-2-1-2-2-9-1 متیله­کردن فلز
21 2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن
21 3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
21 10-1 سازکار­های ورود فلزات سنگین به ریزسازواره­ها
23 11-1 پروتئین­ها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
26 12-1 نمایش سطحی باکتریایی
27 1-12-1 نمایش­سطحی در باکتری­های گرم­منفی
29 2-12-1 نمایش پروتئین­های هترولوگ در باکتری­های گرم مثبت
30 13-1 افزایش جذب­زیستی فلزات سنگین در باکتری­های گرم منفی با روش­های مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایش­سطحی
33 14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
36 1-14-1 پیلی­های باکتریایی و پیلی CS3
39 1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
40 2-1-14-1 تنظیم بیان CS3
40 15-1 اهداف تحقیق
  فصل دوم: مواد و روش­ها
42 1-2 بررسی­های بیوانفورماتیکی
42 1-1-2 پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی
43 2-1-2 ساختار پروتئین و روش­های پیش­گویی عملکرد
43

1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی

 

 

43 1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی
43 3-1-2  روش­های آنالیز ساختار اول
44 4-1-2 روش­ها و برنامه­ی پیش­گویی ساختار و عملکرد پروتئین
46 5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
47 2-2 روش­های بیوانفورماتیکی
47 1-2-2 پیش­گویی ساختار دوم
47 2-2-2 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها و مدل­سازی
49 1-2-2-2 جستجوی توالی­های مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاه­داده  PDB
49 2-2-2-2 مدل­سازی مقایسه­ای
49 1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL
50 2-2-2-2-2 مدل­سازی با برنامه Modeller
51 3-2-2-2 مدل­سازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
52 4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
52 5-2-2-2 تغییرات RMSD
52 1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
53 2-4-2-2-2اندازه­گیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
53 3-2-2 پیش­گویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
54 3-2 مواد
54 1-3-2 ترکیبات استفاده­شده
54 2-3-2 آنتی بیوتیک ها
54 3-3-2 آنتی­بادی­های اولیه
54 4-3-2 آنتی­بادی­های ثانویه
54 5-3-2 باکتری­ها
55 6-3-2 پلاسمیدها
57 7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها
58 8-3-2 کیت­های آزمایشگاهی
59 9-3-2 آنزیمها
59 10-3-2 نشانگر­ها
59 11-3-2 محلول­ها و بافرها
60 12-3-2 محیط­های کشت
60 1-12-3-2 محیط­های­کشت CFA آگار
60 13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باكتریایی مستعد
60 14-3-2 محلول­های مورد نیاز به منظور نگهداری باکتری­ها
60 4-2 وسایل و دستگاه­ها
61 5-2 روش­ها
61 1-5-2 کشت باکتری
61 2-5-2 استخراج پلاسمید
61 1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
62 3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
62 4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژل­آگارز با استفاده از کیت
62 6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
62 1-6-5-2 مستعد سازی باکتری­ها
63 7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری
64 8-5-2 واکنش زنجیره­ای پلی­مراز(Polymerase chain reaction, PCR)
64 1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
67 1-1.                    9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته  cstHدر وکتورpBR322
68 10-5-2 تائید صحت کلون­های واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
69 11-5-2 بررسی پروتیئن­ها
69 1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
70 2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
70 1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین
71 3-11-5-2 وسترن­بلاتینگ (Western Blotting)
71 4-11-5-2 لکه­گذاری برای سلولهای باکتری
72 12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
73 13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز
73 14-5-2 ویژگی­های پلاسمیدهای استفاده­شده در این مطالعه
74 15-5-2 بررسی های آماری
 

فصل سوم: نتایج

76 1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
76 1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
80 2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیش­گویی جایگاه مجاز در آن
80 1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
87 2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
90 3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهای­آمینه سطحی
93 4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
94 5-2-1-3 پیش­گویی و تعیین ساختار دوم
96

3-1-3 پیش­گویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH

رساله دکتری

رشته زیست­ شناسی- گرایش ژنتیک­ ملکولی

 

طراحی نرم­ افزاری پپتید اختصاصی متصل­ شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش­ سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات­ سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

 

استادان راهنما

دکتر باقر یخچالی

دکتر مهدی صادقی

 

استاد مشاور

دکتر علی­ اصغر کارخانه

 

بهمن 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 فهرست مطالب


صفحه عنوان
  فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
2 1-1 زیست فناوری
3 2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیست­فناوری
3 1-2-1 پایگاه­داده
4 1-1-2-1 جایگاه Expasy
4 2-1-2-1 پایگاه­داده Swiss-Prot
7 3-1-2-1- پایگاه­دادهProsite  یا پایگاه­داده موتیف­ها
9 3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیش­گویی ساختار پروتئین
9 1-3-1 پیش­گویی ساختار دوم پروتئین­ها
10 2-3-1 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها
11 4-1 نمایش ساختار پروتئین
11 5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئین­ها
12 6-1 فلزات سنگین و اثرات زیست­محیطی آنها
14 7-1 منابع تولید کننده آلودگی­های فلزات سنگین
16 8-1 کادمیوم
16 9-1 حذف فلزات سنگین از محیط­زیست
17 1-9-1 روش­های فیزیکوشیمیائی
17 1-1-9-1 روش اسمز معکوس
17 2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی
17 3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون
18 4-1-9-1 تبادل یونی
18 5-1-9-1 رسوب­دهی شیمیایی
18 2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی
18 1-2-9-1 پاکسازی گیاهی
18 2-2-9-1 جذب زیستی
19 1-2-2-9-1 سازکار­های جذب زیستی
19 1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
20 1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی
20    2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
20 3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی
20 2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی
20 1-2-1-2-2-9-1 متیله­کردن فلز
21 2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن
21 3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
21 10-1 سازکار­های ورود فلزات سنگین به ریزسازواره­ها
23 11-1 پروتئین­ها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
26 12-1 نمایش سطحی باکتریایی
27 1-12-1 نمایش­سطحی در باکتری­های گرم­منفی
29 2-12-1 نمایش پروتئین­های هترولوگ در باکتری­های گرم مثبت
30 13-1 افزایش جذب­زیستی فلزات سنگین در باکتری­های گرم منفی با روش­های مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایش­سطحی
33 14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
36 1-14-1 پیلی­های باکتریایی و پیلی CS3
39 1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
40 2-1-14-1 تنظیم بیان CS3
40 15-1 اهداف تحقیق
  فصل دوم: مواد و روش­ها
42 1-2 بررسی­های بیوانفورماتیکی
42 1-1-2 پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی
43 2-1-2 ساختار پروتئین و روش­های پیش­گویی عملکرد
43

1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی

 

 

43 1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی
43 3-1-2  روش­های آنالیز ساختار اول
44 4-1-2 روش­ها و برنامه­ی پیش­گویی ساختار و عملکرد پروتئین
46 5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
47 2-2 روش­های بیوانفورماتیکی
47 1-2-2 پیش­گویی ساختار دوم
47 2-2-2 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها و مدل­سازی
49 1-2-2-2 جستجوی توالی­های مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاه­داده  PDB
49 2-2-2-2 مدل­سازی مقایسه­ای
49 1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL
50 2-2-2-2-2 مدل­سازی با برنامه Modeller
51 3-2-2-2 مدل­سازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
52 4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
52 5-2-2-2 تغییرات RMSD
52 1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
53 2-4-2-2-2اندازه­گیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
53 3-2-2 پیش­گویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
54 3-2 مواد
54 1-3-2 ترکیبات استفاده­شده
54 2-3-2 آنتی بیوتیک ها
54 3-3-2 آنتی­بادی­های اولیه
54 4-3-2 آنتی­بادی­های ثانویه
54 5-3-2 باکتری­ها
55 6-3-2 پلاسمیدها
57 7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها
58 8-3-2 کیت­های آزمایشگاهی
59 9-3-2 آنزیمها
59 10-3-2 نشانگر­ها
59 11-3-2 محلول­ها و بافرها
60 12-3-2 محیط­های کشت
60 1-12-3-2 محیط­های­کشت CFA آگار
60 13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باكتریایی مستعد
60 14-3-2 محلول­های مورد نیاز به منظور نگهداری باکتری­ها
60 4-2 وسایل و دستگاه­ها
61 5-2 روش­ها
61 1-5-2 کشت باکتری
61 2-5-2 استخراج پلاسمید
61 1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
62 3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
62 4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژل­آگارز با استفاده از کیت
62 6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
62 1-6-5-2 مستعد سازی باکتری­ها
63 7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری
64 8-5-2 واکنش زنجیره­ای پلی­مراز(Polymerase chain reaction, PCR)
64 1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
67 1-1.                    9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته  cstHدر وکتورpBR322
68 10-5-2 تائید صحت کلون­های واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
69 11-5-2 بررسی پروتیئن­ها
69 1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
70 2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
70 1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین
71 3-11-5-2 وسترن­بلاتینگ (Western Blotting)
71 4-11-5-2 لکه­گذاری برای سلولهای باکتری
72 12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
73 13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز
73 14-5-2 ویژگی­های پلاسمیدهای استفاده­شده در این مطالعه
74 15-5-2 بررسی های آماری
 

فصل سوم: نتایج

76 1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
76 1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
80 2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیش­گویی جایگاه مجاز در آن
80 1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
87 2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
90 3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهای­آمینه سطحی
93 4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
94 5-2-1-3 پیش­گویی و تعیین ساختار دوم
96 3-1-3 پیش­گویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH
96 4-1-3 مدل­سازی پروتئین­های هیبرید
98 2-3  نتایج آزمایشگاهی
98 1-2-3  ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم
101 2-2-3 کلونینگ DNA زیر­واحد اصلی(CstH) جهش­یافته در وکتور کلونینگ
103 1-2-2-3 غربالگری کلون­های دارای پلاسمید­های نوترکیب
103 1-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتی­بیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل
103 2-1-2-2-3 غربالگری با PCR
105 3-1-2-2-3 برش آنزیمی
105 4-1-2-2-3 تعیین توالی ژن­هایCstH::Cbm  وCstH::Cbβm  در کلون­های نوترکیب
106 3-2-3 کلونینگ ژن­هایcstH::cbm  و cstH::cbβm در اپرون cst
108 1-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و  cst::cbbm
109 1-1-3-2-3  تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی
110 2-1-3-2-3  تائید کلونیگ با PCR
112 4-2-3 بررسی بیان پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روش­های دات­بلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین
113 1-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری
114 2-4-2-3 وسترن بلاتینگ
115 5-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm  توسط رنگ­آمیزی ایمونوفلورسانس
117 6-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتری­های بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب
119 1-6-2-3 جذب کادمیم
120 2-6-2-3 اختصاصیت اتصال
  فصل چهارم: بحث و نتیجه­گیری
123 1-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستم­های بیان پروتئین
124 2-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن
129 3-4 مقایسه موتیف­های طراحی­شده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتری­های نوترکیب ساخته­شده در این پروژه با مطالعات پیشین این مطلب را هم بخوانید :
پایان نامه روانشناسی در مورد مفهوم سلامت روان در نظریه های روانکاوی - ایده پردازان پویا - روش ها و آموزش های کاربردی
135 4-4 پیشنهادات
136 منابع
144 پیوست­ها

 

فهرست جدول­ها

عنوان صفحه
جدول 1-1. موتیف­های حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی 8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید كننده فاضلاب حاوی فلز سنگین 15
جدول 1-3. خانواده­های مهم پروتئین­های دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتری­ها 22
جدول1 -4. ارگانل­های سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل می­شوند 35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپ­ها و موتیف­های ارائه شده توسط پیلی­ها 38
جدول 2-1. پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی 42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی 43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین 43
جدول 2-4. روش­های جستجوی پروفایل و پترن 44
جدول 2-5. ابزارهای پیش­گویی ساختار دوم 44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیش­گویی ساختار سوم 45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی 46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق 56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتید­های استفاده شده در این تحقیق 57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR 65
جدول 2-11. واكنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322 67
جدول 2-12. تركیبات مورد استفاده برای واكنش الحاق 68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتی­ژنی F1 81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روش­های محاسباتی به همراه امتیازات نمره­دهی بدست آمده­است 87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH 94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+  و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم 121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستم­های نمایش­سطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق 133

 

فهرست شکل­ها

 
 

964-1-3 مدل­سازی پروتئین­های هیبرید982-3  نتایج آزمایشگاهی981-2-3  ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم1012-2-3 کلونینگ DNA زیر­واحد اصلی(CstH) جهش­یافته در وکتور کلونینگ1031-2-2-3 غربالگری کلون­های دارای پلاسمید­های نوترکیب1031-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتی­بیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل1032-1-2-2-3 غربالگری با PCR1053-1-2-2-3 برش آنزیمی1054-1-2-2-3 تعیین توالی ژن­هایCstH::Cbm  وCstH::Cbβm  در کلون­های نوترکیب1063-2-3 کلونینگ ژن­هایcstH::cbm  و cstH::cbβm در اپرون cst1081-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و  cst::cbbm1091-1-3-2-3  تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی1102-1-3-2-3  تائید کلونیگ با PCR1124-2-3 بررسی بیان پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روش­های دات­بلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین1131-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری1142-4-2-3 وسترن بلاتینگ1155-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm  توسط رنگ­آمیزی ایمونوفلورسانس1176-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتری­های بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب1191-6-2-3 جذب کادمیم1202-6-2-3 اختصاصیت اتصال فصل چهارم: بحث و نتیجه­گیری1231-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستم­های بیان پروتئین1242-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن1293-4 مقایسه موتیف­های طراحی­شده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتری­های نوترکیب ساخته­شده در این پروژه با مطالعات پیشین1354-4 پیشنهادات136منابع144پیوست­ها

 

فهرست جدول­ها

عنوان صفحه
جدول 1-1. موتیف­های حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی 8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید كننده فاضلاب حاوی فلز سنگین 15
جدول 1-3. خانواده­های مهم پروتئین­های دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتری­ها 22
جدول1 -4. ارگانل­های سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل می­شوند 35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپ­ها و موتیف­های ارائه شده توسط پیلی­ها 38
جدول 2-1. پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی 42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی 43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین 43
جدول 2-4. روش­های جستجوی پروفایل و پترن 44
جدول 2-5. ابزارهای پیش­گویی ساختار دوم 44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیش­گویی ساختار سوم 45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی 46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق 56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتید­های استفاده شده در این تحقیق 57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR 65
جدول 2-11. واكنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322 67
جدول 2-12. تركیبات مورد استفاده برای واكنش الحاق 68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتی­ژنی F1 81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روش­های محاسباتی به همراه امتیازات نمره­دهی بدست آمده­است 87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH 94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+  و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم 121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستم­های نمایش­سطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق 133

 

فهرست شکل­ها

 
موضوعات: بدون موضوع  لینک ثابت


فرم در حال بارگذاری ...